インターログとは、別の生物に相互作用する相同タンパク質を持つ一対のタンパク質間の保存された相互作用のことである。この用語は、2000年にWalhoutらによって発表された論文で初めて導入された。[ 1 ] [ 2 ]
例

AとBが相互作用する2つの異なるヒトタンパク質であり、A'とB'が相互作用する2つの異なるイヌタンパク質であると仮定します。このとき、以下の条件がすべて満たされる場合、AとBの間の相互作用はA'とB'の間の相互作用のインターログであると言えます。
- AはA'の相同体である。(タンパク質相同体は類似したアミノ酸配列を持ち、共通の祖先配列に由来する。)
- BはB'の相同体である。
- AとBは相互作用する。
- A'とB'は相互作用する。
つまり、インターログとは、異なる生物種間におけるタンパク質相互作用の相同なペアのことである。
参考文献
- ↑ Walhout, AJ; Sordella, R.; Lu, X.; Hartley, JL; Temple, GF; Brasch, MA; Thierry-Mieg, N.; Vidal, M. (2000). "Protein Interaction Mapping in C. elegans Using Proteins Involved in Vulval Development". Science . 287 (5450): 116– 122. Bibcode : 2000Sci...287..116W . doi : 10.1126/science.287.5450.116 . PMID 10615043 .
- ↑ Yu, H.; Luscombe, NM; Lu, HX; Zhu, X.; Xia, Y.; Han, JD; Bertin, N.; Chung, S.; Vidal, M.; Gerstein, M. (2004). "ゲノム間のアノテーション転送: タンパク質間インターログとタンパク質-DNAレギュログ" . Genome Research . 14 (6): 1107– 1118. doi : 10.1101/gr.1774904 . PMC 419789 . PMID 15173116 .
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- Kemmer, D.; Huang, Y.; Shah, SP; Lim, J.; Brumm, J.; Yuen, MM; Ling, J.; Xu, T.; Wasserman, WW; Ouellette, BF (2005). "Ulysses - 種間分子相互作用の予測のためのアプリケーション" . Genome Biology . 6 (12): R106. doi : 10.1186/gb-2005-6-12-r106 . PMC 1414088 . PMID 16356269 .
- Wiles, AM; Doderer, M.; Ruan, J.; Gu, TT; Ravi, D.; Blackman, B.; Bishop, AJ (2010). "異種間比較によるタンパク質相互作用ネットワークの構築と解析" . BMC Systems Biology . 4 : 36. doi : 10.1186/1752-0509-4-36 . PMC 2859380 . PMID 20353594 .
外部リンク
- Interactome.org は、 Wayback Machineに 2008 年 8 月 20 日にアーカイブされています。Interactomeポータル サイト。
- Interactomics.org:インタラクトミクス・ポータルサイト。
- 異種間相互作用予測サイト。