Loading article…
RNAの内部ループ(内部ループとも呼ばれる) は、ヌクレオチド間のワトソン-クリック-フランクリン塩基対形成がないため、二本鎖 RNA が分離する場所に見られます。内部ループは、二本鎖 RNA の中央に発生するため、ステムループとは異なります。非標準的な残基により、巻き戻し、積み重ね解除、ねじれにより二重らせんが歪んでしまいます。
内部ループは対称型と非対称型に分類でき、非対称型の内部ループはバルジとも呼ばれます。多くの重要な構造モチーフは、Cループ、[1] ドッキングエルボー、[2] キンクターン(kターン)、[3] [4] 直角、[5] サルシン/リシンループ(バルジGモチーフとも呼ばれる)、[6] [7] [8] ツイストアップモチーフ[9]およびUAA/GAN内部ループモチーフ[10]などの内部ループで構成されています 。
参照
参考文献
- ^ Lescoute, A; Leontis, NB; Massire, C; Westhof , E ( 2005). 「反復構造RNAモチーフ、等量性マトリックスおよび配列アラインメント」。核酸研究。33 ( 8): 2395– 409。doi :10.1093/ nar /gki535。PMC 1087784。PMID 15860776。
- ^ Lehmann, J; Jossinet, F; Gautheret, D (2013 年 5 月 1 日). 「リボソーム内の tRNA の肘、RNAse P、および T ボックスリーダーをドッキングするユニバーサル RNA 構造モチーフ」。Nucleic Acids Research . 41 (10): 5494– 502. doi :10.1093/nar/gkt219. PMC 3664808 . PMID 23580544.
- ^ Klein, DJ (2001). 「キンクターン:新しいRNA二次構造モチーフ」. The EMBO Journal . 20 (15): 4214– 4221. doi :10.1093/emboj/20.15.4214. ISSN 1460-2075. PMC 149158. PMID 11483524 .
- ^ Schroeder, KT; McPhee, SA; Ouellet, J; Lilley, DM (2010年8月). 「RNAのkターンモチーフの構造データベース」. RNA . 16 (8): 1463–8 . doi :10.1261/rna.2207910. PMC 2905746. PMID 20562215 .
- ^ Grabow, WW; Zhuang, Z; Swank, ZN; Shea, JE; Jaeger, L (2012 年 11 月 23 日)。「直角 (RA) モチーフ: グループ I イントロンに見られる一般的なリボソーム RNA 構造パターン」。Journal of Molecular Biology。424 ( 1– 2 ) : 54– 67。doi :10.1016/ j.jmb.2012.09.012。PMC 3488136。PMID 22999957。
- ^ abc Szewczak, AA; Moore, PB (1995年3月17日). 「サルシン/リシンループ、モジュラーRNA」.分子生物学ジャーナル. 247 (1): 81– 98. doi : 10.1006/jmbi.1994.0124 . PMID 7897662.
- ^ Leontis, NB; Westhof, E (1998年10月30日). 「共通モチーフが16Sおよび23SリボソームRNAのマルチヘリックスループの構造を構成する」. Journal of Molecular Biology . 283 (3): 571– 83. doi :10.1006/jmbi.1998.2106. PMID 9784367.
- ^ Moore PB (1999). 「RNAの構造モチーフ」. Annu. Rev. Biochem . 68 : 287–300 . doi :10.1146/annurev.biochem.68.1.287. PMID 10872451.
- ^ ab Zhong, C; Zhang, S (2012年2月). 「二次構造アラインメントを用いたリボソームRNAのRNA構造モチーフのクラスタリング」. Nucleic Acids Research . 40 (3): 1307–17 . doi :10.1093/nar/gkr804. PMC 3273805. PMID 21976732 .
- ^ ab Lee, JC; Gutell, RR; Russell, R (2006 年 7 月 28 日)。「UAA/GAN 内部ループ モチーフ: クロスストランド AAA スタックと長距離三次相互作用を形成する新しい RNA 構造要素」。Journal of Molecular Biology。360 ( 5): 978– 88。doi :10.1016/j.jmb.2006.05.066。PMID 16828489 。
