統合ゲノムブラウザ

統合ゲノムブラウザ (IGB)

バージョン9.1.0のホーム画面
オペレーティング·システム	UNIX、Linux、Mac、MS-Windows
タイプ	バイオインフォマティクスツール
ライセンス	1.0 の翻訳
Webサイト	バイオビズ

統合ゲノムブラウザ（IGB）（発音：イグビー）^[1]はオープンソースの ゲノムブラウザであり、配列データ、遺伝子モデル、アライメント、DNAマイクロアレイのデータを含むゲノムデータセット内の生物学的に興味深いパターンを観察するために使用される視覚化ツールです。

統合ゲノム ブラウザは、当初Affymetrixで、同社の科学者や公共部門の協力者がゲノム全体のタイリング アレイからデータを視覚化できるようにするために開発されました。IGB の最初のイテレーションは、同社の科学者である Gregg Helt と Tom Gingeras に授与されたNIHからの資金を使用して開発されました。2004 年に、Affymetrix は、ゲノム ブラウザ アプリケーションを構築するためのグラフィック ライブラリである Genoviz SDK とともに、IGB をオープン ソース ソフトウェアとしてリリースしました。コード ベースの最初のリリースは、圧縮ファイル アーカイブとして行われました。その後すぐに、コードは SourceForge の新しいリポジトリにインポートされました。それ以来、すべての開発はオープン ソース モデルの下で公開されています。2008 年初頭、元 Affymetrix 従業員の Ann Loraine が率いるグループが、国立科学財団からの資金と UNC Charlotte の新しい研究者資金の支援を受けて、IGB の開発と保守を開始しました。それ以来、ロレイン、彼女の学生、そして協力者たちは、イルミナや他のプラットフォームからのハイスループットシーケンスデータの視覚化のサポートなど、多くの新しい機能や能力を追加してきました。2014年に、彼らはソースコードをBitbucketのgitリポジトリに移行しました。

2020 年、Oracle の Java Magazine は、Integrated Genome Browser をこれまでに作成された 25 の優れた Java アプリの 1 つに選出しました。

IGBはGenoviz SDK ^{[2]をベースに構築されており、ゲノムマップの動的なリアルタイムズームやスクロールなどの主要な視覚化機能を実装した}Javaライブラリであり、IGBブラウザの特徴として他の多くの類似ツールとは一線を画しています。

IGB は、特にRESTスタイルの Web サービス (分散注釈システム) と、QuickLoad と呼ばれるシンプルなファイル システム ベースのアプローチを介して、個々のラボがデータ ソース サーバーを簡単にセットアップしてデータを共有できることでも際立っています。

IGB は、BAM、BED、 Affymetrix CHP、FASTA、GFF、GTF 、PSL、SGR、WIGなど、数十種類の形式でデータを読み取ります。最新のリストは BioViz Wiki でご覧いただけます。

IGB は、FreeHEP ライブラリを介して、視覚化されたデータを数十種類の形式で出力できます。これらには、EPS 、 PostScript、PDF、EMF、SVG、SWF、CGM、GIF、PNG、PPMが含まれます。

• Bitbucket の Genoviz SDK
• IGBインストーラーダウンロードサイト