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日本の花粉症（かふんしょう）は、スギ（スギ）とヒノキ（ヒノキ）という、日本固有の2種類の樹木の花粉によって引き起こされることが最も一般的です。
環境省によると、2019年時点で日本人の42.5%が何らかの花粉症に罹患しており、38.8%がスギ花粉症に罹患している。[ 1 ]
1960年代初頭まで、日本では花粉症は比較的まれでした。第二次世界大戦後まもなく、植林政策により、建設業界にとって重要な資源であるスギやヒノキの大規模な森林が形成されました。これらの木が成熟するにつれて、大量の花粉を生成し始めました。花粉のピークは樹齢30年以上の木で発生します。[ 2 ] 1970年代から1980年代にかけて日本経済が発展するにつれて、安価な輸入建材によりスギやヒノキの需要が減少しました。これにより、森林密度と樹齢の増加が進み、花粉の生成がさらに増加し、花粉症が蔓延しました。1970年には、スギの約50%が10年以上、20年以上はわずか25%でした。2000年までに、スギのほぼ85%が20年以上、60%以上が30年以上になりました。このスギの老化傾向はその後も続いており、1980年以降スギ林の面積はほとんど増えていないにもかかわらず、花粉の生産量は増え続けている。[ 3 ]さらに、日本の土地の都市化により、軟弱な土壌や草地がコンクリートやアスファルトで覆われるようになった。このような硬い表面に付着した花粉は、風によって再び簡単に巻き上げられ、循環して花粉症の原因となる。
スギの花粉飛散は、風や地形にも左右されますが、日平均気温が摂氏10度に達すると始まります。桜の開花シーズンと同様に、花粉シーズンは春の進行とともに日本全国を南から北へ、標高の低い場所から高い場所へと移動します。西日本と東日本（東京とその周辺の関東地方を含む）では、花粉症のシーズンは1月末から2月中旬に始まります。これらの地域では、スギの花粉シーズンは3月後半から4月前半にピークを迎え、その後6～8週間かけて減少します。ヒノキの花粉飛散はスギの花粉飛散より約1ヶ月遅れます。人によってはどちらかの花粉に敏感な場合があり、そのためアレルギー症状が他の人よりも早く現れたり遅く現れたりすることがあります。
日本のメディアは、桜の開花時期の予測や追跡と同様の方法で、花粉シーズンの推移を追跡・報道している。特に日本気象協会（JWA）とウェザーニュースジャパンは、日本各地の花粉飛散量に関する詳細な情報を収集・提供している。JWAは、花粉シーズン中は日ごと、あるいは時間ごとの情報に加え、秋には来シーズンの深刻度を予測する長期予報を発表する。開花量と花粉量は主に前年の夏の天候に左右され、暑い夏が長く続くと翌春の花粉量が多くなる。JWAはこの長期予報を、過去10年間の平均と比較した来シーズンの花粉量の相対的な深刻度を示す指標として発表している。
日本では、花粉症対策に役立つサービスや製品を中心とした大規模な産業が発展しており、滑らかな表面のコート、マスク、眼鏡などの防護服、医薬品や治療薬、エアコンフィルターや網戸などの家庭用品、さらには沖縄や北海道といった花粉の少ない地域への「花粉症緩和旅行」まで存在する。日本では、花粉に敏感な鼻の部位を脱感作するために、医療用レーザー治療を受ける人もいる。
アレルギーシーズンが国民に与える影響が増大するにつれ、日本政府はこの問題にますます注目するようになった。1990年、農林水産省は関係省庁間の連携を図るため、毎年花粉症対策会議を開催し始めた。当時の与党であった自由民主党は、ロビー活動の活発化に大きく影響を受け、1995年に「アレルギー対策及び花粉症対策」に関する動議を提出した。それ以来、花粉症対策のための政府予算は大幅に増加している。2002年度の花粉症対策予算は73億7200万円で、7年前の27倍にあたる。行政対策としては、基礎研究、予測精度の向上、治療法の開発に加え、花粉の少ないスギやヒノキの品種開発に関する研究も行われている。しかし、安価で高品質な輸入品の流入による林業の衰退と林業従事者の減少により、植林地における対策の実際の実施は遅れている。 2005年、林野庁は今後5年間で花粉の少ないスギを60万本植林する計画を発表した。しかしながら、日本のスギ林の総面積は4万5300平方キロメートルに及ぶため、こうした品種への本格的な移行は相当な難題となるだろう。