HELPアッセイ

DNA複製に関しては、H paII tiny fragment Enrichment by Ligation -mediated P PCR Assay (HELP Assay) ^{[ 1 ]}は、DNAがメチル化されているかどうかを判断するために使用されるいくつかの技術の1つです。この技術は、個々の遺伝子内およびその周辺のDNAメチル化を調べるために適用することも、ゲノム全体のメチル化を調べるために拡張することもできます。

この技術は、 Hpa II とMsp I という 2 つの制限酵素の特性に基づいています。HELPアッセイ^[¹^]では、 Hpa II とMsp I によるゲノムの消化とそれに続くライゲーション媒介 PCR によって生成された表現を比較します。Hpa II は、中央の CG ジヌクレオチドのシトシンが非メチル化されている場合にのみ 5'-C CG G-3' 部位を消化するため、 Hpa II表現はゲノムの低メチル化画分が濃縮されます。Msp I 表現は、コピー数変化とPCR増幅の困難さのコントロールです。

シトシンメチル化パターンは短い（約1kb）領域で一致する傾向があることが最近示された。^{[ 2 ]}したがって、 Hpa II部位によって表されるパターンは、局所的に他のCGジヌクレオチドを代表する傾向がある。

HELPデータの分析には、品質分析と正規化が含まれます。HELPデータの処理を可能にするために、 Rプログラミング言語で記述された分析パイプラインが最近公開されました。^{[ 3 ]}

参考文献

1 2 Khulan B、Thompson RF、Ye K、et al. (2006 年 8 月) 「シトシンメチル化の比較アイソシゾマープロファイリング: HELP アッセイ」 . Genome Research . 16 (8): 1046–55 . doi : 10.1101/gr.5273806 . PMC 1524864 . PMID 16809668 .
↑ Eckhardt F、Lewin J、Cortese R、et al . (2006 年 12 月)。「ヒト染色体 6、20、22 の DNA メチル化プロファイリング」。Nature Genetics。38 ( 12 ) : 1378–85。doi : 10.1038 / ng1909。PMC 3082778。PMID 17072317。
↑ Thompson RF、Reimers M、Khulan B、et al . (2008年5月)。「シトシンメチル化研究に使用されるゲノム表現の解析パイプライン」。Bioinformatics。24 ( 9): 1161–7。doi : 10.1093 /bioinformatics / btn096。PMC 5061929。PMID 18353789。

外部リンク

HELPアッセイのプロトコル

[pmid16809668-1] 1 2 Khulan B、Thompson RF、Ye K、et al. (2006 年 8 月) 「シトシンメチル化の比較アイソシゾマープロファイリング: HELP アッセイ」 . Genome Research . 16 (8): 1046–55 . doi : 10.1101/gr.5273806 . PMC 1524864 . PMID 16809668 .

[2] Eckhardt F、Lewin J、Cortese R、et al . (2006 年 12 月)。「ヒト染色体 6、20、22 の DNA メチル化プロファイリング」。Nature Genetics。38 ( 12 ) : 1378–85。doi : 10.1038 / ng1909。PMC 3082778。PMID 17072317。

[3] Thompson RF、Reimers M、Khulan B、et al . (2008年5月)。「シトシンメチル化研究に使用されるゲノム表現の解析パイプライン」。Bioinformatics。24 ( 9): 1161–7。doi : 10.1093 /bioinformatics / btn096。PMC 5061929。PMID 18353789。

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]