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ジェフリー・チャンは、カリフォルニア大学サンディエゴ校のスカッグス薬学部および薬理学部、医学部薬理学科の教授です。彼の研究室は、膜タンパク質の構造生物学に焦点を当てており、特に結晶化に非常に抵抗性があることで知られる膜タンパク質の三次構造を解明するためのX線結晶構造解析技術を研究しています。この研究室は、細菌の多剤耐性トランスポータータンパク質の構造を専門としています。2001年、スクリプス研究所の教員だったチャンは、多剤耐性の構造生物学に関する研究で、研究者のキャリアの初期段階を支援するために設立されたベックマン若手研究者賞[1]を受賞しました。 [2]チャンは、2012年にスクリプスから隣接するカリフォルニア大学サンディエゴ校への転勤を発表しました。 [3]
2007年、チャンと共著者らは、別の研究グループがまったく異なる構造を発表し、チャングループのカスタムソフトウェアツールに重大なバグが発見されたことを受けて、3つの多剤輸送タンパク質の構造を説明した5つの論文を撤回した。 [4]しかし、それ以降、チャンは構造生物学の分野で他の論文を発表し、[5] [6]、国立衛生研究所から「科学の多くの分野に非常に大きな影響を与える可能性のある非常に革新的な研究プロジェクト」に対してEUREKA助成金を授与された。[7]
撤回された論文
チャンと共著者らは、EmrE および MsbA として知られる多剤耐性トランスポーターの構造に関する論文を発表しました。最初の構造は、組み立てられた二量体におけるATP 結合部位の予想外の配置のため、この分野では不可解なものと広く考えられていましたが、[8]同じタンパク質ファミリーの追加構造の発表により、チャンの構造が分子の生物学的に活性な構造を表している可能性は低いことが示されました。[9]チャンと共著者らは、EmrE および MsbA に関する構造論文の撤回を発表し、内部ソフトウェアユーティリティのエラーがデータの誤った解釈の原因であり、それが誤って組み立てられた二量体の出現につながったとしました。[4] [10]撤回された MsbA 構造の 1 つに一般的なタンパク質構造検証ツールを適用したところ、この構造に重大なエラーがあることを示すスコアが示されました。[11]
以下の論文は2007年に撤回された: [10] [12]
- Chang, G; Roth, CB (2001). 「大腸菌由来の MsbA の構造: 多剤耐性 ATP 結合カセット (ABC) トランスポーターの相同体」. Science . 293 (5536): 1793–800. Bibcode :2001Sci...293.1793C. doi :10.1126/science.293.5536.1793. PMID 11546864.(撤回されました。doi :10.1126/science.314.5807.1875b、PMID 17185584を参照してください )
- Pornillos, O; Chen, YJ; Chen, AP; Chang, G (2005). 「基質と複合体を形成した EmrE 多剤トランスポーターの X 線構造」。Science . 310 (5756): 1950–3. Bibcode :2005Sci...310.1950P. doi : 10.1126/science.1119776. PMID 16373573 .(撤回されました。doi :10.1126/science.314.5807.1875b、PMID 17185584を参照してください )
- Reyes, CL; Chang, G (2005). 「ADP.バナデートおよびリポ多糖類との複合体における ABC トランスポーター MsbA の構造」. Science . 308 (5724): 1028–31. Bibcode :2005Sci...308.1028R. doi :10.1126/science.1107733. PMID 15890884. S2CID 37250061.(撤回されました。doi :10.1126/science.314.5807.1875b、PMID 17185584を参照してください )
- Chang, G (2003). 「コレラ菌由来のMsbAの構造：閉じた構造の多剤耐性ABCトランスポーターホモログ」J Mol Biol . 330 (2): 419–30. doi :10.1016/s0022-2836(03)00587-4. PMID 12823979.
- Ma, C; Chang, G (2004). 「大腸菌由来の多剤耐性排出トランスポーターEmrEの構造」Proc Natl Acad Sci USA . 101 (9): 2852–7. Bibcode :2004PNAS..101.2852M. doi : 10.1073/pnas.0400137101 . PMC 365709 . PMID 14970332.(撤回されました。doi :10.1073/pnas.0700711104、PMID 17360700を参照してください )
このエピソードは、計算生物学におけるソフトウェアエンジニアリングの実践の改善を促すケーススタディとして、科学メディア[13]と一般メディア[14]の両方で言及されています。
最近の作品
2009年、チャンはサイエンス誌に論文を発表し[5]、多くの薬剤を含む特定の物質を細胞から排除するタンパク質について説明した。P糖タンパク質または略してP-gpと呼ばれるこのタンパク質は、がん細胞が化学療法薬に耐性を持つ主な理由の1つである。[15] 2010年には、科学者によって記述されていない唯一の多剤耐性トランスポータークラスのメンバーに属するMATE（多抗菌性押し出しタンパク質）ファミリートランスポーターNorMの構造を詳述した研究をネイチャー誌に発表した。 [6]この研究は、危険な抗生物質耐性菌株と戦うことや、農作物の丈夫な株を開発することに影響を与えている。[16]
参考文献
- ^ 「ジェフリー・チャン」。アーノルド・アンド・メイベル・ベックマン財団。 2018年8月1日閲覧。
- ^ スクリプス研究所ニュースと見解。概要1(9):2001年4月2日。アクセス日2001年1月17日。
- ^ Robbins, Gary (2012年10月9日). 「Scripps Research Loses Fifth Talented Scientist」.サンディエゴ・ユニオン・トリビューン. 2015年2月10日閲覧。
- ^ ab Miller , G (2006). 「科学出版。科学者の悪夢：ソフトウェアの問題が5件の撤回につながる」。 サイエンス。314 ( 5807): 1856–7。doi : 10.1126 / science.314.5807.1856。PMID 17185570。S2CID 34054520 。
- ^ ab Aller, S.; et al. (2009). 「P糖タンパク質の構造は多特異的薬物結合の分子基盤を明らかにする」. Science . 323 (5922): 1718–1722. Bibcode :2009Sci...323.1718A. doi : 10.1126/science.1168750. PMC 2720052. PMID 19325113.
- ^ ab He et al.、「カチオン結合型多剤および毒性化合物排出トランスポーターの構造」、http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/abs/nature09408.html
- ^ スクリプス研究所のジェフリー・チャンが EUREKA 賞を受賞 http://www.scripps.edu/newsandviews/e_20100920/etc.html
- ^ Higgins, CF; Linton, KJ (2001). 「構造生物学。ABCトランスポーターのxyz」。サイエンス。293 ( 5536 ) : 1782–4。doi : 10.1126/science.1065588。PMID 11546861。S2CID 83363016 。
- ^ Dawson, RJ; Locher, KP (2006). 「細菌性多剤ABCトランスポーターの構造」. Nature . 443 (7108): 180–5. Bibcode :2006Natur.443..180D. doi :10.1038/nature05155. PMID 16943773. S2CID 27132450.
- ^ ab Chang, G; Roth, CB; Reyes, CL; Pornillos, O; Chen, YJ; Chen, AP (2006). 「撤回」. Science . 314 (5807): 1875. doi :10.1126/science.314.5807.1875b. PMID 17185584. S2CID 220093343.
- ^ Wiederstein, M; Sippl, MJ (2007). 「ProSA-web: タンパク質の3次元構造におけるエラーを認識するためのインタラクティブWebサービス」Nucleic Acids Res . 35 (Web Server 版): W407–10. doi :10.1093/nar/gkm290. PMC 1933241 . PMID 17517781.
- ^ Gawrylewski A. (2006). 撤回により構造生物学が揺らぐ: 最近の調査結果により引用数の多い 5 つの論文の結論が覆されるThe Scientist 2007 年 1 月 4 日 全文無料アクセス日 2007 年 1 月 17 日。
- ^ Perkel, Jeffrey M. (2011 年 6 月 29 日). 「コーディングで問題を解決する」. Nature Methods . 8 (7): 541–543. doi : 10.1038/nmeth.1631 . PMID 21716280. S2CID 13175560.
- ^ Tenner, Edward (2012年12月7日). 「バグのあるソフトウェア：ビッグデータ駆動型科学の弱点？」The Atlantic 。 2015年2月10日閲覧。
- ^ 科学者らが癌細胞を化学療法に耐性にするタンパク質の構造を発見 http://www.scripps.edu/newsandviews/e_20090330/chang.html
- ^ スクリプス研究所 http://www.scripps.edu/news/press/20100922 2010-09-28 にWayback Machineでアーカイブ
外部リンク
- UCSD教員プロフィール