ゲノム選択

ゲノム選択（GS）は、集団内の子孫の特性（害虫に対する耐性など）を高密度遺伝子マーカースコアと関連付けることで、子孫の育種価を予測します。^{[1] GSは、育種プログラムにおける}マーカー支援選択（MAS）の欠陥に対処するために提案された方法です。しかし、GSはMASの一種であり、ゲノム全体にわたるすべての遺伝子マーカー、ハプロタイプ、またはマーカー効果を同時に推定して、ゲノム推定育種価（GEBV）の値を計算する点でMASとは異なります。^{[1] GSの可能性は、ゲノム}全体のマーカーの高カバレッジを通じて育種プログラムの遺伝的多様性を説明し、それらのマーカーの効果を評価して育種価を予測することです。^[2]

MAS の制限

MASが少数の重要なマーカーに焦点を当てているのとは対照的に、GSは集団内のすべてのマーカーをまとめて検査します。GSは繁殖集団への適用を目的とした最初の提案^[1]以来、MASの欠陥に対する解決策として浮上してきました。^[2]

MASは育種への応用において2つの主な制限を提示しています。第一に、両親マッピング集団はほとんどのQTL解析に使用されているため、その精度が制限されます。^[3]^[4]これは、単一の両親集団では育種集団の対立遺伝子多様性と遺伝的背景の影響を表現できないため、問題となります。

さらに、複数の小さな効果のマーカーによって制御される多遺伝子形質（または複合形質）は、MASにとって非常に厄介な問題でした。多遺伝子形質の改善のためにターゲットマーカーを特定し、MASを実施するために適用された統計的手法は成功していませんでした。^[2]

参考文献

^ abc de Koning DJ (2016年5月). 「Meuwissen et al. on Genomic Selection」.遺伝学. 203 (1): 5–7. doi :10.1534/genetics.116.189795. PMC 4858795. PMID 27183561 .
^ abc Heffner EL、Sorrells ME、 Jannink JL（2009年1月）。「作物改良のためのゲノム選択」。作物科学。49 （1）：1–12。doi ：10.2135/cropsci2008.08.0512。{{cite journal}}: CS1 メンテナンス: 日付と年 (リンク)
^ Dekkers JC、Hospital F（2002年1月）。「農業集団 の改善における分子遺伝学の活用」。Nature Reviews 。遺伝学。3（1）：22–32。doi ： 10.1038/nrg701。PMID 11823788。S2CID 32216266 。
^
- • Schön CC、Utz HF、Groh S、Truberg B、Openshaw S、Melchinger AE (2004 年 5 月)。「大規模なトウモロコシの検定交配実験における再サンプリングに基づく量的形質遺伝子座マッピングと、複合形質の量的遺伝学との関連性」。遺伝学。167 ( 1 ) : 485–498。doi : 10.1534 /genetics.167.1.485。PMC 1470842。PMID 15166171。
- • Maloof, Julin (2004)。「大規模なトウモロコシの検定交配実験における再サンプリングに基づく量的形質遺伝子座マッピングに関する教職員意見の推奨と、複合形質の量的遺伝学への関連性」Faculty Opinions Ltd. doi : 10.3410 /f.1020376.234444 . S2CID 224103363。 {{cite journal}}:ジャーナルを引用するには|journal=(ヘルプ)が必要です
- • Jannink, Jean-Luc; Lorenz, AJ; Iwata, H. ( 2010). 「植物育種におけるゲノム選択：理論から実践へ」。機能ゲノミクスのブリーフィング。9 (2). Oxford University Press (OUP): 166–177. doi :10.1093/bfgp/elq001. ISSN 2041-2649. PMID 20156985. S2CID 3379276.
- • Varshney, RK; Roorkiwal, Manish; Sorrells, Mark E. (2017).作物改良のためのゲノム選択：作物改良のための新しい分子育種戦略（第1版）。シャム、スイス：Springer International Publishing AG。pp. xii +258。doi ： 10.1007 /978-3-319-63170-7。ISBN 978-3-319-63170-7。OCLC 1015215250。S2CID 6537864。ISBN 978-3-319-63168-4。 ISBN 978-3-319-87489-0。 ^{: 16}

[de_Koning_2018-1] Koning DJ (2016年5月). 「Meuwissen et al. on Genomic Selection」.遺伝学. 203 (1): 5–7. doi :10.1534/genetics.116.189795. PMC 4858795. PMID 27183561 .

[Heffner_2019-2] Heffner EL、Sorrells ME、 Jannink JL（2009年1月）。「作物改良のためのゲノム選択」。作物科学。49 （1）：1–12。doi ：10.2135/cropsci2008.08.0512。{{cite journal}}: CS1 メンテナンス: 日付と年 (リンク)

[3] ^ Dekkers JC、Hospital F（2002年1月）。「農業集団 の改善における分子遺伝学の活用」。Nature Reviews 。遺伝学。3（1）：22–32。doi ： 10.1038/nrg701。PMID 11823788。S2CID 32216266 。

[Schon-4] 
• Schön CC、Utz HF、Groh S、Truberg B、Openshaw S、Melchinger AE (2004 年 5 月)。「大規模なトウモロコシの検定交配実験における再サンプリングに基づく量的形質遺伝子座マッピングと、複合形質の量的遺伝学との関連性」。遺伝学。167 ( 1 ) : 485–498。doi : 10.1534 /genetics.167.1.485。PMC 1470842。PMID 15166171。
• Maloof, Julin (2004)。「大規模なトウモロコシの検定交配実験における再サンプリングに基づく量的形質遺伝子座マッピングに関する教職員意見の推奨と、複合形質の量的遺伝学への関連性」Faculty Opinions Ltd. doi : 10.3410 /f.1020376.234444 . S2CID 224103363。 {{cite journal}}:ジャーナルを引用するには|journal=(ヘルプ)が必要です
• Jannink, Jean-Luc; Lorenz, AJ; Iwata, H. ( 2010). 「植物育種におけるゲノム選択：理論から実践へ」。機能ゲノミクスのブリーフィング。9 (2). Oxford University Press (OUP): 166–177. doi :10.1093/bfgp/elq001. ISSN 2041-2649. PMID 20156985. S2CID 3379276.
• Varshney, RK; Roorkiwal, Manish; Sorrells, Mark E. (2017).作物改良のためのゲノム選択：作物改良のための新しい分子育種戦略（第1版）。シャム、スイス：Springer International Publishing AG。pp. xii +258。doi ： 10.1007 /978-3-319-63170-7。ISBN 978-3-319-63170-7。OCLC 1015215250。S2CID 6537864。ISBN 978-3-319-63168-4。 ISBN 978-3-319-87489-0。 ^{: 16}

[5] • Schön CC、Utz HF、Groh S、Truberg B、Openshaw S、Melchinger AE (2004 年 5 月)。「大規模なトウモロコシの検定交配実験における再サンプリングに基づく量的形質遺伝子座マッピングと、複合形質の量的遺伝学との関連性」。遺伝学。167 ( 1 ) : 485–498。doi : 10.1534 /genetics.167.1.485。PMC 1470842。PMID 15166171。

[6] • Maloof, Julin (2004)。「大規模なトウモロコシの検定交配実験における再サンプリングに基づく量的形質遺伝子座マッピングに関する教職員意見の推奨と、複合形質の量的遺伝学への関連性」Faculty Opinions Ltd. doi : 10.3410 /f.1020376.234444 . S2CID 224103363。 {{cite journal}}:ジャーナルを引用するには|journal=(ヘルプ)が必要です

[7] • Jannink, Jean-Luc; Lorenz, AJ; Iwata, H. ( 2010). 「植物育種におけるゲノム選択：理論から実践へ」。機能ゲノミクスのブリーフィング。9 (2). Oxford University Press (OUP): 166–177. doi :10.1093/bfgp/elq001. ISSN 2041-2649. PMID 20156985. S2CID 3379276.

[8] • Varshney, RK; Roorkiwal, Manish; Sorrells, Mark E. (2017).作物改良のためのゲノム選択：作物改良のための新しい分子育種戦略（第1版）。シャム、スイス：Springer International Publishing AG。pp. xii +258。doi ： 10.1007 /978-3-319-63170-7。ISBN 978-3-319-63170-7。OCLC 1015215250。S2CID 6537864。ISBN 978-3-319-63168-4。 ISBN 978-3-319-87489-0。 ^{: 16}

MAS の制限

参考文献

関連するトピック

マーカー支援選択

全体のマーカーの高カバレッジ

育種プログラム

QTL解析