ゲノムスペース

ゲノムスペース
開発者	ブロード研究所
安定版リリース	ベータ 5.0 / 2012 年 4 月; 12 年前
オペレーティング·システム	クロスプラットフォーム
プラットフォーム	ウェブブラウザ
利用可能	英語
ライセンス	LGPL 2.1
Webサイト	詳しくはこちら

GenomeSpace は、ゲノミクスソフトウェアツールとアプリケーションのための環境です。Web アプリケーションやデスクトップツールなど、さまざまなツールが関わる分析ワークフローをユーザーが管理できるようにし、自動形式変換によってツール間でのデータ転送を容易にします。分析では、ローカルまたはクラウドベースのストアのデータを使用できます。

GenomeSpace は、ユーザー向けの Web ベースのユーザーインターフェイス(UI) と、開発者がアプリケーションを GenomeSpace と統合するための表現状態転送(RESTful)アプリケーションプログラミングインターフェイス(API) およびJavaベースのクライアント開発キット (CDK) で構成されています。

ゲノムスペースツール

GenomeSpaceは、 Cytoscape、^[1] Galaxy、^[2]^[3] GenePattern、^[4] Genomica、^[5] geWorkbench、^[6] InSilico DB、^[7] Integrative Genomics Viewer (IGV)、^[8]および^[9] UCSC Genome Browserなど、ゲノム解析用のさまざまなツールやデータソースとリンクされています。これらのプログラムは、ネットワーク解析と視覚化、配列解析、全ゲノム解析、一般的な統計手法、遺伝子発現解析、プロテオミクス、フローサイトメトリー、次世代配列解析、ゲノムデータセットなど、さまざまなゲノム解析を提供します。他のゲノムソフトウェアの開発者は、GenomeSpace APIを使用してツールを追加できます。

協力者

GenomeSpace プロジェクトは、ブロード研究所の Mesirov および Regev 研究室、スタンフォード大学の Chang 研究室、カリフォルニア大学サンディエゴ校の Ideker 研究室、ペンシルベニア州立大学の Nekrutenko 研究室、ワイツマン科学研究所の Segal 研究室、カリフォルニア大学サンタクルーズ校の Haussler および Kent 研究室の共同プロジェクトです。GenomeSpace は、国立衛生研究所の国立ヒトゲノム研究所によって資金提供されています。

参考文献

^ 「ホーム」. cytoscape.org .
^ Goecks, J.; Nekrutenko, A.; Taylor, J.; Galaxy Team, T. (2010). 「Galaxy: 生命科学におけるアクセス可能で再現可能かつ透明性のある計算研究をサポートするための包括的アプローチ」.ゲノム生物学. 11 (8): R86. doi : 10.1186/gb-2010-11-8-r86 . PMC 2945788. PMID 20738864 .
^ Blankenberg, D.; Kuster, GV; Coraor, N.; Ananda, G.; Lazarus, R.; Mangan, M.; Nekrutenko, A.; Taylor, J. (2010). Frederick M. Ausubel (ed.). Galaxy: 実験者のための Web ベースのゲノム解析ツール。第 19 巻、第 19 章。pp. Unit Un19.10.Un19–21。doi : 10.1002 /0471142727.mb1910s89。ISBN 978-0471142720. PMC 4264107 . PMID 20069535. {{cite book}}:|journal=無視されました (ヘルプ)
^ 「ホーム」. genepattern.org .
^ 「Segal Lab: Genomica」。2012年2月2日時点のオリジナルよりアーカイブ。2012年4月24日閲覧。
^ 「ホーム」. geworkbench.org .
^ Coletta, A.; Molter, C.; Duqué, R.; Steenhoff, D.; Taminau, J.; De Schaetzen, V.; Meganck, S.; Lazar, C.; Venet, D.; Detours, V.; Nowé, A .; Bersini, H.; Weiss Solís, DY (2012). 「InSilico DB ゲノムデータセットハブ: GenePattern、Integrative Genomics Viewer、および R/Bioconductor でゲノム全体の研究を分析するための効率的な出発点」. Genome Biology . 13 (11): R104. doi : 10.1186/gb-2012-13-11-r104 . PMC 3580496 . PMID 23158523.
^ 「ホーム | 統合ゲノムビューア」。
^ http://hgwdev-gs.cse.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables

外部リンク

公式サイト

[1] 「ホーム」. cytoscape.org .

[2] Goecks, J.; Nekrutenko, A.; Taylor, J.; Galaxy Team, T. (2010). 「Galaxy: 生命科学におけるアクセス可能で再現可能かつ透明性のある計算研究をサポートするための包括的アプローチ」.ゲノム生物学. 11 (8): R86. doi : 10.1186/gb-2010-11-8-r86 . PMC 2945788. PMID 20738864 .

[3] Blankenberg, D.; Kuster, GV; Coraor, N.; Ananda, G.; Lazarus, R.; Mangan, M.; Nekrutenko, A.; Taylor, J. (2010). Frederick M. Ausubel (ed.). Galaxy: 実験者のための Web ベースのゲノム解析ツール。第 19 巻、第 19 章。pp. Unit Un19.10.Un19–21。doi : 10.1002 /0471142727.mb1910s89。ISBN 978-0471142720. PMC 4264107 . PMID 20069535. {{cite book}}:|journal=無視されました (ヘルプ)

[4] 「ホーム」. genepattern.org .

[5] 「Segal Lab: Genomica」。2012年2月2日時点のオリジナルよりアーカイブ。2012年4月24日閲覧。

[6] 「ホーム」. geworkbench.org .

[7] Coletta, A.; Molter, C.; Duqué, R.; Steenhoff, D.; Taminau, J.; De Schaetzen, V.; Meganck, S.; Lazar, C.; Venet, D.; Detours, V.; Nowé, A .; Bersini, H.; Weiss Solís, DY (2012). 「InSilico DB ゲノムデータセットハブ: GenePattern、Integrative Genomics Viewer、および R/Bioconductor でゲノム全体の研究を分析するための効率的な出発点」. Genome Biology . 13 (11): R104. doi : 10.1186/gb-2012-13-11-r104 . PMC 3580496 . PMID 23158523.

[8] 「ホーム | 統合ゲノムビューア」。

[9] ttp://hgwdev-gs.cse.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables