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| コンテンツ | |
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| 説明 | G タンパク質共役受容体データ、Web ツール、図 |
キャプチャされたデータの種類 | 構造、変異体、配列 |
| 接触 | |
| 研究センター | コペンハーゲン大学 |
| 著者 | ヴィグニール・イスバーグ、バス・ヴロリン、ゲルト・フリエンド、デヴィッド・グロリアムなど。 |
| 主な引用 | パンディ・ゼケレス G、ムンク C、ツォンコフ TM、モルダルスキー S、ハープソー K、ハウザー AS、ボヤルスキー AJ、グロリアム DE。[1] |
| 発売日 | 1993 |
| アクセス | |
| Webサイト | https://www.gpcrdb.org |
| ウェブサービスURL | https://gpcrdb.org/services/ |
| その他 | |
| キュレーションポリシー | 手動および実験データから得られた |
GPCRdbデータベースは、G タンパク質共役受容体(GPCR)の厳選されたデータの主要なリポジトリです。GPCR 分析用のさまざまな Web ツールとダイアグラムを統合し、PDB (タンパク質データバンク) を通じて提供されるすべての GPCR 結晶構造の手動注釈を保存し、受容体変異体と参照配列アラインメントの最大のコレクションを持っています。GPCRdb のホームページで利用できる一連のツールは、Web ブラウザーで実行して、構造、配列の類似性、受容体の関係、相同性モデル、薬物の傾向、遺伝子変異、リガンドのターゲット プロファイルを分析できます。ダイアグラムは、受容体の配列 (スネーク プロットとヘリックス ボックス ダイアグラムを使用) と関係 (系統樹) を示します。
背景と発展
GPCRdb の作成者の一人である Gert Vriend 氏によると、このリソースは次のように始まったそうです。
「GPCRdb は 90 年代初頭に Bob Bywater、Ad IJzerman、Friedrich Rippmann、Gert Vriend が EMBL で一連の小規模な GPCR ワークショップを開催したときに開始されました。最初のブラウザーが導入される前は、GPCRdb は、シーケンス、アラインメント、相同性モデルをユーザーに送信できる自動メール応答システムとして機能していました。1994 年には、インターネットが現在の形で確立され、GPCRdb を構築するための資金が第 4 次 EU フレームワークから調達されました。このプロジェクトには Florence Horn が参加しました。彼女が 4 年間のポスドク期間を終えて去った後、GPCRdb は GPCR データの主要な情報源として確固たる地位を築きました。」 [2]
GPCRdb は 20 年にわたって、データを保存および分析する総合的な情報システムへと進化しました。2013 年に、GPCRdb の管理はコペンハーゲン大学の David Gloriam のグループに移管され、EU COST Action の「GLISTEN」と呼ばれる貢献者と開発者の国際チームがバックアップしました。GPCRdb は、GPCR の機能、薬剤設計、進化を研究する多分野のユーザー向けに参照データと使いやすい Web ツールおよび図表を提供しており、欧州シグナル伝達研究ネットワーク(「ERNEST」) に積極的に参加しています。
コンテンツと機能
GPCRdb の主な機能の視覚的な概要は、gpcrdb.org でご覧いただけます。
GPCRdb ブラウジング システムは、次の最も関連性の高いカテゴリに基づいて構成されています。
- GPCRdb [3]
- 受容体[4]
- Gタンパク質[5]
- B-アレスチン
- 偏ったシグナル
- リガンド[6]
- 薬物[7]
- 構造構成
- チュートリアル、ワークショップ、使用方法のドキュメント。
カテゴリの下には、専門的なデータとツールのサブセクションがあります。
今後の方向性
GPCRdb は、欧州研究委員会とルンドベック財団がそれぞれ資金提供している2 つのオーファン GPCR プロジェクト Archived 2016-03-06 at the Wayback Machine の一環として、内因性および代替 GPCR リガンドの識別のためのデータの登録と計算ツールの開発を行います。GPCRdb は、GPCR の構造、機能、およびリガンド設計から成長し、新たな進歩を可能にすることを目指しています。GuideToPharmacology データベースにクロスリンクし、公式の NC-IUPHAR 受容体命名法を採用し、GPCR サーバー Archived 2015-09-08 at the Wayback Machineと交換し、また最近では前例のない数の結晶構造を生成することを目的とした GPCR コンソーシアムに参加しています。学術団体や産業界からの共同開発やデータ登録の提案については、GPCRdb までご連絡ください。
参照
参考文献
- ^ パンディ＝ゼケレス、ガスパール;ムンク、クリスチャン。ツォンコフ、ツォンコ。モルダルスキー、ステファン。ハープソー、カスパー。ハウザー、アレクサンダー。ボヤルスキ、アンジェイ。グロリアム、デイビッド (2017-11-16)。 「2018 年の GPCRdb: GPCR 構造モデルとリガンドの追加」。核酸研究。46 (D1): D440 – D446。土井：10.1093/nar/gkx1109。PMC 5753179。PMID 29155946。
- ^ 「謝辞 — GPCRdb 3 ドキュメント」。docs.gpcrdb.org。2020年 8 月 5 日閲覧。
- ^ Isberg, Vignir; Graaf, Chris de; Bortolato, Andrea; Cherezov, Vadim; Katritch, Vsevolod; Marshall, Fiona H.; Mordalski, Stefan; Pin, Jean-Philippe; Stevens, Raymond C. (2015-01-01). 「Generic GPCR residual numbers – aligning topology maps while minding the gaps」. Trends in Pharmacological Sciences . 36 (1): 22– 31. doi :10.1016/j.tips.2014.11.001. PMC 4408928 . PMID 25541108.
- ^ ハウザー、アレクサンダー S.;チャヴァリ、スリーニバス。増穂 育男;ジャーン、レオニー・J。マルテミャノフ、キリル A.グロリアム、デイビッド E.バブ、M. マダン (2018)。 「GPCR薬物標的の薬理ゲノミクス」。セル。172 ( 1–2 ): 41–54.e19。土井：10.1016/j.cell.2017.11.033。PMC 5766829。PMID 29249361。
- ^ Flock, Tilman; Hauser, Alexander S.; Lund, Nadia; Gloriam, David E.; Balaji, Santhanam; Babu, M. Madan (2017年5月). 「GPCR–Gタンパク質結合の選択性決定因子」. Nature . 545 ( 7654): 317– 322. Bibcode :2017Natur.545..317F. doi :10.1038/nature22070. ISSN 1476-4687. PMC 5846738. PMID 28489817.
- ^ パンディ＝シェケレス、ガスパール;ムンク、クリスチャン。ツォンコフ、ツォンコ M.モルダルスキー、ステファン。ハープソー、カスパー。ハウザー、アレクサンダー S.ボヤルスキー、アンジェイ J.グロリアム、デイビッド E. (2018)。 「2018 年の GPCRdb: GPCR 構造モデルとリガンドの追加」。核酸研究。46 (D1): D440 – D446。土井：10.1093/nar/gkx1109。PMC 5753179。PMID 29155946。
- ^ Hauser, Alexander S.; Attwood, Misty M.; Rask-Andersen, Mathias; Schiöth, Helgi B.; Gloriam, David E. (2017年12月). 「GPCR創薬の動向：新薬、ターゲット、適応症」. Nature Reviews Drug Discovery . 16 (12): 829– 842. doi :10.1038/nrd.2017.178. ISSN 1474-1784. PMC 6882681. PMID 29075003 .
外部リンク
- GPCRdb GPCRデータベース
- GLISTEN EU COST GPCR アクション
- GPCR-HGmod ヒトゲノム中の全GPCRの予測構造モデル
- 実験的に解明されたすべてのGPCR構造のGPCR-EXPデータベース