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| 開発者 | ヨハネス・シンデリン、イグナシオ・アルガンダ＝カレーラス、アルバート・カルドナ、マーク・ロングエア、ベンジャミン・シュミット 他 |
|---|---|
| 安定版リリース | 2.9.0 / 2022年9月14日[1] |
| リポジトリ | github.com/フィジー/フィジー |
| 書かれた | ジャワ |
| オペレーティング·システム | Javaをサポートするもの |
| タイプ | 画像処理と画像解析 |
| ライセンス | GPL v3 [2]（一部のプラグインは異なるライセンスを持っています[3]） |
| Webサイト | フィジー |
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Fiji [4] [5]はImageJ2をベースにしたオープンソースの画像処理パッケージです。
Fiji の主な目的は、多数のプラグインをバンドルした ImageJ2 のディストリビューションを提供することです。Fiji は統合された更新システムを備えており、一貫したメニュー構造、詳細なアルゴリズムの説明やチュートリアルの形での広範なドキュメント、および異なるソースから複数のコンポーネントをインストールする必要性を回避する機能をユーザーに提供することを目指しています。
Fiji は、バージョン管理システム、問題追跡ツール、専用の開発チャネル、およびBeanShell、Jython、JRuby、Clojure、Groovy、JavaScript、およびその他のスクリプト言語、およびジャストインタイム Java 開発をサポートするスクリプト エディター形式の迅速なプロトタイピング インフラストラクチャを使用することで、開発者もターゲットにしています。
プラグイン
ImageJには多くのプラグインが存在し、その用途は多岐にわたるだけでなく、品質も多岐にわたります。[6]
さらに、一部のプラグインでは、特定のバージョンの ImageJ、特定のバージョンのサードパーティ ライブラリ、または Java コンパイラやJava 3Dなどの追加の Java コンポーネントが必要になります。
Fijiの主な目的の1つは、ImageJ、Java、Java 3D、プラグイン、その他の便利なコンポーネントのインストールを可能な限り簡単にすることです。その結果、Fijiのアクティブユーザーはますます増えています。[7]
観客
Fijiはもともと神経科学者向けに設計されていましたが（現在もそうです[8]）、細胞生物学、[9]寄生虫学、[10]遺伝学、一般的な生命科学、材料科学など、さまざまな分野の科学者を惹きつけるのに十分な機能が蓄積されました。公式ウェブサイトに記載されているように、主な焦点は「生命科学」ですが、Fijiは一般的な科学的画像分析に役立つ多くのツールを提供しています。[11]
Fijiは生命科学コミュニティで最も人気があり、3Dビューア[12]は光学顕微鏡で得られたデータの視覚化に役立ち、Fijiはレジストレーション[ 13] やセグメンテーション、その他の高度な画像処理アルゴリズムを提供します。
フィジーコンポーネントTrakEM2は、ショウジョウバエの幼虫脳の神経細胞系統を解析するために効果的に使用され、強化されました。[14]
フィジーは、視覚化に関するNature Methodsのレビュー補足で大きく取り上げられました。[15]
発達
Fiji は完全にオープンソースです。そのソースはパブリックGitリポジトリに保存されています。
Fiji は、 Google Summer of Code 2009に組織として受け入れられ、2 つのプロジェクトを完了しました。
JavaScript、Jython、JRuby、Clojure、BeanShellなどの言語をサポートするスクリプト フレームワークは、Fiji の開発に不可欠な要素です。多くの開発者が、前述のスクリプト言語のいずれかでプラグインのプロトタイプを作成し、そのプロトタイプを徐々に適切なJavaコードに変換しています。この目的のために、前述の Google Summer of Code プロジェクトの 1 つとして、構文の強調表示とインプレース コード実行を備えたスクリプト エディターが追加されました。
スクリプト フレームワークは Fiji リリースに含まれているため、上級ユーザーは一般的なワークフローでこのようなスクリプトを使用できます。
開発は、計算のバックグラウンドを持つ生命科学者が集まり、それぞれの興味のあるプラグインを改良する、 不定期のハッカソンの恩恵を受けています。
スクリプトエディタ
FijiのスクリプトエディタはスクリプトとImageJプラグインの迅速なプロトタイピングをサポートしており、Fijiは新しい画像処理アルゴリズムを開発し、ImageJで新しい画像処理技術を探索するための強力なツールとなっています。[16] [17]
サポートされているプラットフォーム
Fiji は、Windows、Linux、Mac OS X、Intel 32 ビットまたは 64 ビットで実行され、MacOSX/PPC は限定的にサポートされます。
参考文献
- ^ 「Tags - fiji/fiji」。2022年11月26日閲覧– GitHub経由。
- ^ 「LICENSE.txt ファイル」。2022年11 月 25 日に取得– GitHub経由。
- ^ 「LICENSES ファイル」。2022年11 月 25 日に取得– GitHub経由。
- ^ 主な参考文献: Johannes Schindelin;イグナシオ・アルガンダ・カレーラス。アーウィン・フリーゼ。ヴェレナ・カイニッヒ;マーク・ロングエア。トビアス・ピエチュ;ステファン・プレイビシュ;カーティス・ルーデン;ステファン・ザールフェルト;ベンジャミン・シュミット;ジャン＝イヴ・ティネベス。ダニエル・ジェームス・ホワイト;フォルカー・ハルテンシュタイン;ケビン・エリシリパベル・トマンカク。アルバート・カルドナ (2012)。 「フィジー: 生物学的画像解析のためのオープンソース プラットフォーム」。ネイチャーメソッド。9 (7): 676–682。土井:10.1038/nmeth.2019。PMC 3855844。PMID 22743772。
- ^ Fiji は、2008 年 11 月に開催された ImageJ ユーザーおよび開発者会議で初めて公開されました。
- ^ 2008年11月の第2回ImageJユーザーおよび開発者会議（2021年1月28日アーカイブ ）と2010年10月の第3回ImageJおよびユーザー開発者会議でのプレゼンテーションを比較してください。
- ^ フィジーの使用状況マップと比較
- ^ Longair Mark; Baker DA; Armstrong JD. (2011). 「Simple Neurite Tracer: ニューロンプロセスの再構築、視覚化、分析のためのオープンソースソフトウェア」.バイオインフォマティクス. 27 (17): 2453–4 . doi : 10.1093/bioinformatics/btr390 . hdl : 20.500.11850/39228 . PMID 21727141.
- ^ Preibisch S、 Saalfeld S、Tomancak P (2009 年 4 月) 。「タイル化された 3D 顕微鏡画像取得のグローバル最適ステッチング」。バイオインフォマティクス。25 (11): 1463–5。doi : 10.1093 / bioinformatics /btp184。PMC 2682522。PMID 19346324。 [リンク切れ ]
- ^ Hegge S, Kudryashev M, Smith A, Frischknecht F (2009 年 5 月). 「Plasmodium スポロゾイト運動パターンの自動分類により、唾液腺感染中の生産的な運動性への移行が明らかになった」. Biotechnology Journal . 4 (6): 903– 13. doi :10.1002/biot.200900007. PMID 19455538. S2CID 7371409. 2009 年 8 月 1 日時点のオリジナルよりアーカイブ。
- ^ The Fiji Wiki、2012年11月1日閲覧。
- ^ Benjamin Schmid、Johannes Schindelin、Albert Cardona 、Mark Longair 、 Martin Heisenberg (2010)。「Java および ImageJ 用の高レベル 3D 視覚化 API」 。BMC Bioinformatics。11 : 274。doi : 10.1186 / 1471-2105-11-274。PMC 2896381。PMID 20492697。
- ^ Stephan Preibisch; Stephan Saalfeld; Johannes Schindelin; Pavel Tomancak (2010). 「選択的平面照明顕微鏡データのビーズベース登録用ソフトウェア」Nature Methods . 7 (6): 418– 419. doi :10.1038/nmeth0610-418. PMID 20508634. S2CID 39609830.
- ^ Albert Cardona; Stephan Saalfeld; Ignacio Arganda; Wayne Pereanu; Johannes Schindelin; Volker Hartenstein (2010). 「軸索路の配列分析によるショウジョウバエの神経系統の特定」The Journal of Neuroscience . 30 (22): 7538– 7553. doi :10.1523/JNEUROSCI.0186-10.2010. PMC 2905806 . PMID 20519528.
- ^ Thomas Walter; David W Shattuck; Richard Baldock; Mark E Bastin; Anne E Carpenter; Suzanne Duce; Jan Ellenberg; Adam Fraser; Nicholas Hamilton; Steve Pieper; Mark A Ragan; Jurgen E Schneider; Pavel Tomancak; Jean-Karim Hériché (2010). 「細胞から生物への画像データの視覚化」。Nature Methods . 7 (3s): S26 – S41 . doi :10.1038/nmeth.1431. PMC 3650473 . PMID 20195255.
- ^ スクリプティング in Fiji (Fiji Is Just ImageJ)、第 3 回ユーザーおよび開発者会議にて 2010 年 10 月にWayback Machineで2019 年 2 月 7 日にアーカイブ
- ^ Albert Cardona による Fiji を使用した Jython スクリプトの短期集中コース。