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欧州保護種（EPS ）は、欧州連合全域で法律により保護されている植物および動物（鳥類を除く）の種です。これらは、欧州生息地指令の付属書 II および IV に記載されています。
リストには数百種の植物や動物が含まれていますが、菌類、地衣類、鳥類は含まれていません。
欧州連合諸国は、生息地指令に基づき、記載されている種を保護することが義務付けられており、一部の種（付属書 II に記載されたもの）については、その個体群を保護するために特別保護区（SAC）を指定することが義務付けられています。
生息地指令は鳥類を扱っていないため、鳥類は附属書から除外されています。同等の鳥類種は、以前の鳥類指令に基づいて別途保護されています。
欧州保護種ではない多くの種も、個々のEU加盟国によって保護されています。