Loading article…
 | |
| コンテンツ | |
|---|---|
| 説明 | 大腸菌生物学の包括的なデータベース。 |
| 生物 | 大腸菌 |
| 接触 | |
| 研究センター | SRIインターナショナル |
| 研究室 | SRIインターナショナル |
| 著者 | ピーター・カープ 他[1] |
| 主な引用 | ケセラーら（2011）[1] |
| アクセス | |
| Webサイト | エコサイクル |
バイオインフォマティクスにおいて、EcoCyc は細菌Escherichia coli K-12の生物学的データベースです。EcoCyc プロジェクトは、E. coliゲノム、E. coli転写調節、トランスポーター、代謝経路の文献ベースのキュレーションを実行します。EcoCyc には、36,000 を超える科学論文から抽出されたE. coli遺伝子の要約が含まれています。EcoCyc は、科学者が計算分析を実行するのをサポートする、 E. coliのゲノムと細胞ネットワークの説明でもあります。[2]
EcoCyc データベースのデータ オブジェクトは、各E. coli 遺伝子と遺伝子産物を記述します。データベース オブジェクトは、代謝経路、輸送イベント、遺伝子発現の調節などの分子相互作用も記述します。EcoCyc は、遺伝子発現またはメタボロミクス データをE. coliの完全な調節ネットワーク上に描画するなど、オミクス データの分析を支援するゲノム規模の視覚化ツールをいくつか提供します。[引用が必要]
EcoCyc は、EcoCyc Web サイトからダウンロード可能なファイル セットとして、また Macintosh、PC/Windows、PC/Linux コンピューターにローカルにインストールできる Pathway Tools ソフトウェアと組み合わせて使用できます。ダウンロード可能なソフトウェアは、EcoCyc の Web バージョンをはるかに超える機能を提供します。[引用が必要]
参考文献
- ^ ab ケスラー、イングリッド M;コジャド・ビデス・フリオ。サントス・ザバレタ・アルベルト。ペラルタ＝ギル・マーティン。ガマ・カストロ・ソコロ。ムニス・ラスカド・ルイス。ボナビデス＝マルティネス・セザール。ペイリー・スザンヌ。クルメナッカー・マルクス。アルトマン・トマー;カイパ・パラヴィ。スポルディング・アーロン。パチェコ・ジョン。ラテンドレス・マリオ。フルチャー・キャロル。サルカー・マラビカ。剪断者アレクサンダー G;マッキー・アマンダ。ポールセン・イアン。ガンサルス ロバート P;カープ・ピーター・D (2011 年 1 月)。 「EcoCyc: 大腸菌生物学の包括的なデータベース」。核酸研究39 (データベースの問題)。イングランド: D583–90。土井：10.1093/nar/gkq1143。PMC 3013716。PMID 21097882。
- ^ Karp PD、Riley M、Paley SM、Pelligrini-Toole A (1996)。「EcoCyc: 大腸菌の遺伝子と代謝に関する百科事典」。Nucleic Acids Res . 24 (1): 32–9. doi :10.1093/nar/24.1.32. PMC 145574 . PMID 8594595。