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| 共通ワークフロー言語標準 | |
 CWL ロゴ | |
| 略語 | カナダ |
|---|---|
| 状態 | 公開済み |
| 開始年 | 2014年7月10日 |
| 最新バージョン | 1.2 2020年8月7日 |
| 関連規格 | バイオコンピューティングオブジェクト |
| ライセンス | アパッチ2.0 |
| Webサイト | コモンウェルス |
共通ワークフロー言語（CWL）は、計算データ分析ワークフローを記述するための標準です。[1] CWLの開発は、バイオインフォマティクス、[2] 医療画像、天文学、物理学、化学などのデータ集約型科学に特に重点を置いています。
標準
CWLの主な目標は、移植性があり、さまざまな計算環境で再現可能に実行できるワークフローの作成を可能にすることです。[3]
CWL は、2014 年にOpen Bioinformatics Foundation BOSC 2014 コードフェストでPeter Amstutz、John Chilton、Nebojša Tijanić、Michael R. Crusoe (当時の所属はそれぞれGalaxy、Arvados、Seven Bridges、ミシガン州立大学)の間で行われた議論から生まれました。
CWLは、 Apache Airflow（CWL-Airflow [5]経由）、Arvados、Rabix [6]、 Cromwellワークフローエンジン、Toil、REANA - Reusable Analyses、IBM Spectrum LSF用のCWLEXECなど、複数の分析ランナーとプラットフォーム[4]でサポートされており、2017年にはバイオインフォマティクスパイプライン開発の将来のトレンドの1つとして認識されました。[2]現在、 Pegasus [7]やGalaxyなど、いくつかの追加の分析環境がCWLのサポートを実装しています。[8]
可用性
CWLプロジェクト[9]は、組織と個人の両方から構成されるマルチステークホルダーワーキンググループです。Software Freedom Conservancyのメンバープロジェクトであり、寛容なApache License 2.0に基づいて、GitHubリポジトリからCWL標準を自由に公開しています。
参考文献
- ^ Peter, Amstutz; R., Crusoe, Michael; Nebojša, Tijanić; Brad, Chapman; John, Chilton; Michael, Heuer; Andrey, Kartashov; Dan, Leehr; Hervé, Ménager (2016-07-08). 「Common Workflow Language, v1.0」. Figshare . doi :10.6084/m9.figshare.3115156.v2.
{{cite journal}}: CS1 maint: 複数の名前: 著者リスト (リンク) - ^ ab Leipzig, Jeremy (2017-05-01). 「バイオインフォマティクスパイプラインフレームワークのレビュー」. Briefings in Bioinformatics . 18 (3): 530–536. doi :10.1093/bib/bbw020. ISSN 1467-5463. PMC 5429012. PMID 27013646 .
- ^ Perkel, Jeffrey M. (2019). 「ワークフローシステムが生データを科学的知識に変える」. Nature . 573 (7772): 149–150. Bibcode :2019Natur.573..149P. doi : 10.1038/d41586-019-02619-z . ISSN 0028-0836. PMID 31477884. S2CID 201713827.
- ^ 「CWL 実装」。共通ワークフロー言語 (CWL) 。2021 年10 月 10 日閲覧。
- ^ Barski, Artem; Kartashov, Andrey V.; Kotliar, Michael (2019-07-01). 「CWL-Airflow: Common Workflow Language をサポートする軽量パイプラインマネージャー」. GigaScience . 8 (7). doi :10.1093/gigascience/giz084. PMC 6639121 . PMID 31321430.
- ^ カウシク、ガウラフ;イヴコビッチ、シニサ。シモノヴィッチ、ヤンコ。ティジャニッチ、ネボイシャ。デイビス・デュセンベリー、ブランディ;デニズ、クラル（2017年1月）。 「Rabix: ワークフロー記述の再計算可能性と相互運用性をサポートするオープンソースのワークフロー エグゼキュータ」。バイオコンピューティングに関する太平洋シンポジウム 2017。太平洋シンポジウムの議事録。 Vol. 22. 154–165 ページ。土井：10.1142/9789813207813_0016。ISBN 978-981-320-780-6. PMC 5166558 . PMID 27896971.
- ^ 「11.6. pegasus-cwl-converter — Pegasus WMS 5.0.1 ドキュメント」pegasus.isi.edu . 2021 年10 月 10 日閲覧。
- ^ Chilton, John; Soranzo, Nicola. 「Common Workflow Language のサブセットを実装する。 by jmchilton · Pull Request #47 · common-workflow-language/galaxy」。GitHub 。2021年10 月 10 日に取得。
- ^ Crusoe, Michael R.; Abeln, Sanne; Iosup, Alexandru; Amstutz, Peter; Chilton, John; Tijanić, Nebojša; Ménager, Hervé; Soiland-Reyes, Stian; Gavrilović, Bogdan; Goble, Carole; The CWL Community (2022). 「含まれる方法: 共通ワークフロー言語による計算再利用と移植性の標準化」Communications of the ACM . 65 : 54–63. arXiv : 2105.07028 . doi :10.1145/3486897. S2CID 234742536.
外部リンク
- CWL v1.0 仕様 DOI
- CWLウェブサイト
- CWL GitHub リポジトリ
- CWL の EU ICT 標準化観測所への参加