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切断増幅多型配列（CAPS ）法は、分子生物学における遺伝子マーカー解析のための技術である。これは、制限酵素断片長多型（RFLP）法を拡張したもので、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）を用いて結果をより迅速に解析できる。
RFLPと同様に、CAPSは、個体間の遺伝的差異によって制限酵素の制限部位が生成または消失し、これらの差異は消化後のDNA断片の長さに検出できるという原理に基づいている。
CAPS法では、PCR増幅は改変された制限酵素部位をまたいで行われ、増幅産物は制限酵素で消化されます。アガロースゲルまたはポリアクリルアミドゲル電気泳動で分画すると、消化されたPCR産物は容易に識別できるバンドパターンを示します。あるいは、増幅された断片をアレル特異的オリゴヌクレオチド（ASO）プローブで分析することもできます。このプロセスは、多くの場合、簡単なドットブロット法で実施できます。
CAPSマーカーは共優性遺伝子マーカーであり、特定の対立遺伝子に関してホモ接合体またはヘテロ接合体の個体で異なる消化パターンを生じることを意味します。[ 1 ]派生CAPS（dCAPS）バリアントは、ミスマッチPCRプライマーを使用して多型を人工的に作り出すことにより、制限部位を自然に生成または破壊しない一塩基多型（SNP）の検出を可能にします。[ 2 ]
植物遺伝学および育種において、CAPSマーカーは遺伝子マッピングおよびマーカー支援選抜に使用され、遺伝的多様性および集団構造解析にも使用されてきました。[ 3 ] 2024年のレビューでは、CAPSマーカーは園芸作物においてQTLの境界設定や病害抵抗性、収量、品質特性に関連する遺伝子座の特定に重要であると述べられています。[ 4 ]