ビースト2

サンプリングツリーによるベイズ進化分析
安定版リリース	2.7.4 / 2023-03-20
リポジトリ	https://github.com/CompEvol/beast2
書かれた	ジャワ
オペレーティング·システム	Windows、Mac OS X、Linux の場合
タイプ	系統学ソフトウェア
ライセンス	GNU 劣等一般公衆利用許諾書
Webサイト	http://www.beast2.org/

BEAST 2は、分子配列のベイズ解析を行うクロスプラットフォームプログラムです。^[1]MCMC を使用して、さまざまな置換モデルとクロックモデル、およびさまざまなツリー事前確率を使用して、ルート化された時間指定の系統樹を推定します。標準的な解析 ( XMLを使用して指定) を設定するための BEAUTi と呼ばれる関連ツールがあります。BEAST 2 は、以前の (現在も積極的に開発されている) BEAST プログラム^[2]を完全に書き直したもので、膨大な量の研究成果を活用しています。BEAST 2 の注目すべき機能は、新しいモデルの実装プロセスを簡素化したパッケージシステムです。

Taming the BEASTは、BEAST 2と関連する系統発生ソフトウェアの使用方法を教えるコミュニティ主導のリソースです。^[3]

美しい

BEAUti は「ベイジアン進化解析ユーティリティ」の略称です。BEAST 2 の入力ファイルを作成するために使用されるグラフィカルユーザーインターフェイス (GUI) です。これにより、データファイル、分子進化モデル、モデルパラメータの事前分布など、系統解析のさまざまなオプションと設定を簡単に指定できます。また、BEAUti では、チェーン長やサンプリング頻度など、MCMC 解析のパラメータも指定できます。これにより、XML 入力ファイルを手動で編集する必要がなくなり、BEAST 2 を実行するユーザーフレンドリな方法になります。

BEAUti を使用すると、分子進化モデルや合体モデルなどのさまざまなパッケージを簡単にインストールして管理できます。これらのパッケージは、BEAUti 内から直接インストールできます。これにより、パッケージを手動でダウンロードしてインストールする必要がなく、分析に新しい機能を簡単に追加できます。

CBAN

包括的BEASTアーカイブネットワーク（CBAN）は、BEAST 2パッケージの公式リポジトリです。CBANのパッケージは、BEAUti経由ですぐにインストールできます。^[4]

リンガフィロ

関連するプロジェクトとしてLinguaPhylo (LPhy)がある。^{[5] LPhyは}OpenBUGSに似た構文で系統解析を定義するための確率的プログラミング言語である。これは手動でXMLを記述することなくBEAST 2 XMLファイル(および他の系統解析パッケージ用の同様のモデル仕様)を生成する方法を提供する。

マスター/リマスター

BEAST 2エコシステムで特に重要なパッケージは、リマスター^[6]（旧称MASTER ^[7]）です。リマスターは、出生死亡モデルと合体モデルから個体群の軌跡と系統発生をシミュレートするためのツールです。シミュレーション研究で新しい方法論を検証するために使用されます。

参考文献

^ Bouckaert, Remoco (2019-04-08). 「BEAST 2.5: ベイズ進化解析 のための高度なソフトウェアプラットフォーム」. PLOS Computational Biology . 15 (4): e1006650. Bibcode :2019PLSCB..15E6650B. doi : 10.1371/journal.pcbi.1006650 . PMC 6472827. PMID 30958812. S2CID 104294209.
^ Suchard, Marc (2018-06-08). 「BEAST 1.10 を使用 したベイズ系統発生および系統動態データ統合」.ウイルス進化. 4 (1): vey016. doi :10.1093/ve/vey016. PMC 6007674. PMID 29942656.
^ Barido-Sottani, Joëlle (2018年1月). 「Taming the BEAST—BEAST 2のコミュニティ教材リソース」. Systematic Biology . 67 (1): 170–174. doi :10.1093/sysbio/syx060. PMC 5925777. PMID 28673048 .
^ 「包括的BEASTアーカイブネットワーク」。
^ Drummond, Alexei J.; Chen, Kylie; Mendes, Fábio K.; Xie, Dong (2023). 「LinguaPhylo: 再現可能な系統解析のための確率モデル仕様言語」. PLOS Computational Biology . 19 (7): e1011226. doi : 10.1371/journal.pcbi.1011226 . PMC 10381047. PMID 37463154 .
^ Vaughan, Timothy G. (2024). 「ReMASTER: BEAST 2.7 向けの改良された系統動態シミュレーション」.バイオインフォマティクス. 40 (1): btae015. doi :10.1093/bioinformatics/btae015. hdl : 20.500.11850/655887 .
^ Vaughan, Timothy G.; Drummond, Alexei J. (2013). 「出生-死亡マスター方程式の確率的シミュレーターと系統動態への応用」.分子生物学と進化. 30 (6): 1480–1493. doi :10.1093/molbev/mst057. PMC 3649681 .

外部リンク

公式サイト

[1] ^ Bouckaert, Remoco (2019-04-08). 「BEAST 2.5: ベイズ進化解析 のための高度なソフトウェアプラットフォーム」. PLOS Computational Biology . 15 (4): e1006650. Bibcode :2019PLSCB..15E6650B. doi : 10.1371/journal.pcbi.1006650 . PMC 6472827. PMID 30958812. S2CID 104294209.

[2] ^ Suchard, Marc (2018-06-08). 「BEAST 1.10 を使用 したベイズ系統発生および系統動態データ統合」.ウイルス進化. 4 (1): vey016. doi :10.1093/ve/vey016. PMC 6007674. PMID 29942656.

[3] Barido-Sottani, Joëlle (2018年1月). 「Taming the BEAST—BEAST 2のコミュニティ教材リソース」. Systematic Biology . 67 (1): 170–174. doi :10.1093/sysbio/syx060. PMC 5925777. PMID 28673048 .

[4] 「包括的BEASTアーカイブネットワーク」。

[5] Drummond, Alexei J.; Chen, Kylie; Mendes, Fábio K.; Xie, Dong (2023). 「LinguaPhylo: 再現可能な系統解析のための確率モデル仕様言語」. PLOS Computational Biology . 19 (7): e1011226. doi : 10.1371/journal.pcbi.1011226 . PMC 10381047. PMID 37463154 .

[6] Vaughan, Timothy G. (2024). 「ReMASTER: BEAST 2.7 向けの改良された系統動態シミュレーション」.バイオインフォマティクス. 40 (1): btae015. doi :10.1093/bioinformatics/btae015. hdl : 20.500.11850/655887 .

[7] Vaughan, Timothy G.; Drummond, Alexei J. (2013). 「出生-死亡マスター方程式の確率的シミュレーターと系統動態への応用」.分子生物学と進化. 30 (6): 1480–1493. doi :10.1093/molbev/mst057. PMC 3649681 .