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アニー・エマ・トンプソン、トンプソン夫人（旧姓アフレック、1842年6月26日- 1913年4月10日）は、カナダ第4代首相ジョン・トンプソン卿の妻であった。
彼女はノバスコシア州ハリファックスで、船長のジェームズ・アフレックとキャサリン・サンダースの間に生まれた。8人兄弟の長女だった。歴史家たちは彼女を、エミリー・ブロンテの『嵐が丘』に登場するキャサリン・リントンに似た、活発な若い女性だったと評している。
彼女は1870年にメイン州ポートランドでトンプソンと結婚した。二人の最初の子供である息子は、 1871年9月3日に死産だった。その後、二人の間にはさらに8人の子供が生まれた。
1882年、ジョン・トンプソンがアンティゴニッシュでの選挙戦に敗れることを心配していたとき、アニーは彼に手紙を書き、「10分だけでもあなたと直接話せたらいいのに…だから勇気を出して…勝っても負けても、もう長くはあなたを私から引き離すことはできないわ…だから、家に帰るまではそんなにひどい赤ん坊みたいに振る舞わないで。家に帰ったら、どこまで甘やかせるか見てみましょう」と伝えた。
ジョン・トンプソンは1882年にノバスコシア州最高裁判所の判事に任命された。 1885年に司法大臣への就任を打診された際、妻のアニー・トンプソンは、ノバスコシア州の判事席にいる「つまらない老いぼれたち」（彼女の言葉）を離れ、彼の才能をより試され、発揮できる世界に出るよう彼を励ました。トンプソン一家は1888年にオタワに移住し、ジョン・トンプソンは1892年に首相に就任した。
1894年12月12日、ジョン・トンプソンはウィンザー城で心臓発作のため49歳で亡くなった。彼はごくわずかな遺産しか残さなかったため、その月に子供たちのための私的な募金活動としてレディ・トンプソン基金が設立された。
トンプソン夫人は1895年にトロントに移住した。アバディーン夫人やフランク・スミス上院議員を はじめとする友人たちが、彼女の住居探しや生活基盤の確立を支援した。彼女はセント・ジョセフ通り18番地半に住み、近隣の聖バジル・ローマ・カトリック教会の会員となった。
1913年、検査手術のため入院した彼女は、手術不能な癌と診断され、手術台の上で亡くなった。彼女はトロントのマウント・ホープ・カトリック墓地に埋葬された（夫はハリファックスのホーリー・クロス墓地に埋葬された）。