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Anne O'Tate is a free, web-based application [1] that analyses sets of records identified on PubMed, the bibliographic database of articles from over 5,500 biomedical journals worldwide. While PubMed has its own wide range of search options to identify sets of records relevant to a researchers query it lacks the ability to analyse these sets of records further, a process for which the terms text mining and drill down have been used. Anne O'Tate is able to perform such analysis and can process sets of up to 25,000 PubMed records.[1]
Once a set of articles has been identified using Anne O'Tate with its PubMed-like interface and search syntax, the set can be analysed and words and concepts mentioned in specific 'fields' (sections) of PubMed records can be displayed in order of frequency.[2] 'Fields' which Anne O'Tate can display in this manner are:
This option may help to identify possible Medical Subject Headings (known as MeSH terms, but called 'Topics' by Anne O'Tate) for a subject for which no corresponding subject heading or 'entry term' (cross-references to preferred MeSH term) exists or where PubMed's automatic mapping process (identifying a MeSH term and including it in a search formulation) fails.
Searching for instance for articles on '"Knowledge Transfer"' (for which no corresponding MeSH or entry term exists) will retrieve a set of some 530 studies in PubMed (as of August 2011); Anne O'Tate's analysis suggests that MeSH terms like "Diffusion of Innovation" or "Information Dissemination" may be suitable additional concepts to retrieve a more 'sensitive' (comprehensive) set of references. This method of identifying possible MeSH terms is not available on PubMed.
This option may help with identifying authors who have written frequently about a given subject, or may help with identifying possible experts or peer reviewers
Identifying journals which publish papers on the subject under investigation may assist with selecting suitable journals to consider for manuscripts or for detailed scanning for relevant articles ('hand searching'[3]) not found by the search on PubMed.
著者の所属（住所）や出版年も分析できます。タイトルや抄録から「重要な単語」を特定できます。これらの単語は、MEDLINE全体よりも結果のサブセットで出現頻度が高く、そのため結果のサブセットをMEDLINEの残りの部分から区別することができます[ 4 ]。 これにより、PubMedでの検索をさらに絞り込むのに役立ちます。[ 5 ] [ 6 ] [ 7 ]
Anne O'Tate（「annotate」という単語をもじったもの）は、シカゴ大学のNeil R Smalheiser氏と研究者チームによって開発されました。これは、テキスト比較アプリケーションである「Arrowsmith」本体[ 8 ]、医療略語データベースである「Adam」[ 9 ] 、著者曖昧性解消ツールであるAuthor-ity [ 10 ] 、生物医学テキストマイニングツールのリストである「Compendium」、そしてAnne O'Tateなどのツールを開発したArrowsmithプロジェクトの一部です。このプロジェクトは、シカゴ大学のDon R. Swanson氏が主導した研究[ 11 ]に基づいており、同大学がオリジナルのツールをホストしていました[ 12 ] 。その後の研究は、国立衛生研究所からの資金提供を受けて、イリノイ大学シカゴ校 のNeil R. Smalheiser氏が主導しました[ 13 ]。
PubMed 用のテキストマイニングアプリケーションは、 GoPubMed、ClusterMed、PubReMinerなど独自のインターフェースを使用して幅広く開発されています。 [ 4 ]これらのツールの適用性やパフォーマンスは様々です。 [ 14 ] Anne O'Tate だけが PubMed の標準インターフェース、検索構文、および一部の機能を使用しています。