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アフリカ連合司法裁判所は、当初、アフリカ連合の「主要な司法機関」(アフリカ連合司法裁判所議定書、第2.2条)として、AU条約の解釈に関する紛争を裁定する権限を持つことが意図されていた。しかし、アフリカ連合は、アフリカ人権人民裁判所と統合して新たな裁判所、すなわちアフリカ司法人権裁判所(ACJHR)を設立することを決定したため、同裁判所は設立されることはなかった。この決定の背景には、AUが維持する余裕のないAU機関の増加に対する懸念があった。[ 1 ]
司法裁判所設立のための議定書は2003年に採択され、2009年に発効した。しかし、その後、アフリカ司法人権裁判所を設立する議定書によって取って代わられた。
合併議定書は、2008年7月に開催された第11回アフリカ連合首脳会議で採択された。統合裁判所はタンザニアのアルーシャに拠点を置く予定である。