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第99ニューヨーク歩兵連隊は、「ユニオン沿岸警備隊」、「バートレット海軍旅団」、「リンカーン潜水隊」、または「ニューヨーク・バージニア沿岸警備隊」とも呼ばれ、海軍歩兵旅団として編成されましたが、南北戦争中は主に北軍の歩兵連隊として活動しました。
第99連隊は、ユニオン沿岸警備隊、またはバートレット海軍旅団として知られ、ワシントン・アロン・バートレット大佐によってニューヨーク市で組織されたが、マサチューセッツ州出身の兵士も多く含まれており、1861年5月に召集された。この旅団は、支給された砲艦で大西洋沿岸を巡航することになっていた。同部隊は1861年5月に州を離れ、バージニア州フォートレス・モンローに向かい、そこでベンジャミン・F・バトラー少将に報告しようとしたが失敗に終わった。1861年8月にバートレット大佐が重傷を負ったため、歩兵連隊として再編成され、1861年6月から1862年3月の間に軍務に召集された。
沿岸警備隊として活動していた連隊の分遣隊は、バージニア州沿岸での小競り合いや、ノースカロライナ州ハッテラス岬の要塞の占領に参加した。バーンサイドのノースカロライナ遠征隊の一員として、またアメリカ海軍フリゲート艦コングレス号に乗艦し、1862年3月のハンプトン・ローズ海戦に参加した。1862年8月からは陸軍砲艦の分遣隊として、バージニア州サフォークの第7軍団の連隊として、1863年夏にはアイザック・J・ウィスター准将の指揮下でバージニア方面軍のホワイトハウスに、そして1864年にはノースカロライナ第18軍団および地区に所属した。
1864年6月に兵役期間が満了すると、元の隊員は除隊し、ベテランと新兵は1個大隊に統合され、最終的に1865年2月には2個中隊となった。1865年6月、連隊と共に除隊しなかった第132歩兵連隊は、これら2個中隊に配属された。第99連隊は、1865年7月15日にノースカロライナ州ソールズベリーで名誉除隊となった。[ 1 ]
連隊の任務期間中、戦死により将校2名、下士官兵27名が死亡、戦闘で負傷し下士官兵11名が死亡、病気その他の原因により将校3名、下士官兵161名が死亡、合計で将校5名、下士官兵199名、総計204名が死亡し、そのうち下士官兵71名が敵の手に落ちて死亡した。[ 1 ]