23SメチルRNAモチーフ

23SメチルRNAモチーフ
23SメチルRNAモチーフ
	23SメチルRNAモチーフの予測される二次構造と配列の保存
識別子
シンボル	23S-メチル
Rfam	RF01065
その他のデータ
RNAタイプ	シス-レグ
ドメイン	細菌
それで	0005836 ...
PDB構造	PDBe

23S メチル RNA モチーフは、rRNA メチルトランスフェラーゼをコードすると予測される遺伝子の上流に見られる保存されたRNA構造で、おそらく23S rRNA用である。^[1] しかし、1 つのケースでは、rRNA メチルトランスフェラーゼ遺伝子から遠く離れている (3 キロベース)。それでも、この RNA はシス調節要素である可能性があると提案された。rRNA メチルトランスフェラーゼは RNA に結合できるため、おそらく 23S メチル RNA にも結合できるため、これは魅力的な仮説である。この調節戦略は、リボソームリーダーと呼ばれる RNA モチーフを使用して、リボソームサブユニットのレベルを制御するために細菌でよく使用される。さらに、23S メチル RNA は下流に rho 非依存性転写ターミネーターを持ち、これが調節のメカニズムである可能性がある。^[1]

23SメチルRNAは、ラクトバシラ目と呼ばれる細菌群にのみ存在します。^[1]

参考文献

^ abc Weinberg Z、 Barrick JE、Yao Z 、 et al. (2007)。「CMfinder比較ゲノムパイプラインを使用した細菌中の22の候補構造化RNAの同定」。Nucleic Acids Res。35 ( 14 ): 4809–4819。doi :10.1093/nar/gkm487。PMC 1950547。PMID 17621584。

外部リンク

Rfamの 23S_methyl_RNA_motif のページ

[Wei07-1] Weinberg Z、 Barrick JE、Yao Z 、 et al. (2007)。「CMfinder比較ゲノムパイプラインを使用した細菌中の22の候補構造化RNAの同定」。Nucleic Acids Res。35 ( 14 ): 4809–4819。doi :10.1093/nar/gkm487。PMC 1950547。PMID 17621584。