第16インディアナ歩兵連隊は、南北戦争中に北軍に所属していた歩兵連隊である。1863年8月、同連隊は戦争終結まで騎兵連隊に改編された。
第16インディアナ歩兵連隊はインディアナ州インディアナポリスで編成され、当初は1861年5月27日から1862年8月19日までの1年間の兵役を務め、その後1862年8月19日にトーマス・J・ルーカス大佐の指揮下で3年間の兵役のために再編成された。
その連隊はケンタッキー軍のマンソン旅団に配属されていた。リッチモンドの戦いの後、捕獲され再編成されたこの部隊は、 1862年12月までテネシー方面軍第13軍団右翼第10師団第1旅団に配属された。1863年1月までシャーマンのヤズー遠征第1師団第1旅団に配属された。 1863年7月までテネシー軍第13軍団第10師団第1旅団に配属された。1863年8月までテネシー方面軍第13軍団第4師団第1旅団、1863年9月までメキシコ湾方面軍に配属された。1863年11月までメキシコ湾方面軍の独立騎兵師団に配属された。1864年6月までメキシコ湾方面軍騎兵師団第1旅団に配属された。1864年8月までメキシコ湾方面軍騎兵師団第4旅団に配属された。ラフォーシュ、メキシコ湾管区、1865年6月まで。
第16インディアナ歩兵連隊は1865年6月30日をもって解散した。退役兵と新兵は第13インディアナ騎兵連隊に転属となった。
連隊は8月19日にケンタッキー州ルイビルへ移動し、その後ケンタッキー州リッチモンドへ移動した。8月30日のリッチモンドの戦いで連隊は捕虜となったが、仮釈放されインディアナポリスへ送られた。1862年11月1日に捕虜交換が行われ、11月20日にテネシー州メンフィスへ移動するよう命じられた。
1862年12月20日から1863年1月3日まで、彼らはシャーマンのヤズー遠征に参加した。この期間中、12月25日から26日にかけてテキサス・アンド・シュリーブポート鉄道への遠征に参加し、12月26日から28日にかけてチカソー・バイユーで戦闘を行った。また、12月29日にはチカソー・ブラフでも戦闘を行った。
1863年1月3日から10日にかけて、連隊はアーカンソー州アーカンソー・ポストへの遠征に参加し、1月10日から11日にかけてアーカンソー・ポストのヒンドマン砦を攻撃・占領した。その後、1月17日から21日にかけてルイジアナ州ヤングズ・ポイントに移動し、4月まで同地およびミリケンズ・ベンドで任務に就いた。
2月14日から29日にかけて、彼らはミシシッピ州グリーンビルとアーカンソー州サイプレスベンドへの遠征に参加し、2月19日にはサイプレスベンドで、2月23日にはグリーンビル近郊のフィッシュレイクで戦闘を行った。その後、4月25日から30日にかけてミシシッピ州ブルインズバーグへの進軍とグランドガルフへの接近を行い、5月1日のポートギブソンの戦いへと繋げた。
彼らは5月16日のチャンピオンヒルの戦いと5月17日のビッグブラック川の戦いに参加した。連隊は5月18日から7月4日まで続くビックスバーグの長期包囲戦に耐え、5月19日と22日の攻撃にも参加した。その後、7月4日から10日にかけてミシシッピ州ジャクソンへ進軍し、7月10日から17日にかけてジャクソンの包囲戦に参加した。彼らは8月24日にニューオーリンズへの移動命令を受けるまでビックスバーグに駐屯した。
ニューオーリンズでは、連隊は騎乗してミシシッピ川東岸沿いの任務に就き、10月までニューオーリンズへの輸送路と沿岸部の交通を警備した。この期間中、9月24日から29日にかけてニュー川とアミット川への遠征を行い、10月3日から11月30日にかけては西ルイジアナの「テッシュ」作戦に参加した。特筆すべき戦闘としては、11月3日のグランド・コトー、11月8日のバーミリオンビル、11月20日のキャンプ・ピアットでの戦闘が挙げられる。
彼らは再編成のためニューオーリンズへ戻るよう命じられ、1864年2月22日、フランクリンで戦闘を行った。3月10日から5月22日にかけて、彼らはレッドリバー作戦に参加し、3月14日から26日にかけてフランクリンからアレクサンドリアへ移動し、3月20日にバイユー・ラピデス、3月21日にヘンダーソンズ・ヒル、3月29日から30日にかけてモネット・フェリーとクルーティエヴィルで戦闘を行った。彼らは4月2日にクランプス・ヒルで、4月7日から9日にかけてプレザント・ヒル付近で戦闘を行い、4月8日のサビーヌ・クロス・ローズの戦いや4月16日のグランド・エコレでの交戦も含まれた。彼らは4月22日にナチトチェスへ移動し、その後4月22日から24日にかけてクルーティエヴィル付近を移動し、4月23日にケーン川を渡った。彼らは4月28日にアレクサンドリアに到着し、5月1日にハドノット農園で戦闘を行い、5月8日までそこに留まった。5月13日から20日にかけてモーガンザへ撤退した後、彼らは5月14日にウィルソンズ・ランディング、5月15日にアヴォイエルズ・プレーリー、5月16日にマンシュアでの戦闘に参加し、最終的に5月28日にモーガンザに到着した。
その後、彼らはキャメロン将軍に報告するよう命じられ、1865年6月までメキシコ湾管区ラフォーシュ地区の辺境警備と巡回任務に就いた。この期間の特筆すべき活動としては、1864年8月27日のバーウィックでの戦闘、ナチェズ・バイユー(8月30日~9月2日)、9月1日のジェンティリー農園付近、9月7日~11日のグランド湖、グランド川、フォッセポイント湖、バイユー・ピジョン、ナチェズ湖への遠征などがあり、9月8日のラバディヴィル、9月9日のバイユー・コーンでの戦闘も含まれる。
1864年末から1865年初頭にかけて、この連隊はテール・ボンヌからバイユー・グラン・カイユーへの遠征(11月19日~27日)、モーガンザからモーガンズ・フェリーとアーチャファラヤ川への遠征(12月13日~14日)、そしてブラシア・シティからアミット川への遠征(1865年2月10日~13日)に参加した。また、グランド・グレイズとバイユー・グーラへの遠征(2月14日~18日)、バイユー・グーラへの偵察(3月23日~24日)を行い、4月4日にはグランド・バイユーで、5月11日にはブラウンズ・プランテーションで小競り合いを行った。その他の作戦としては、4月19日~25日のバイユー・グーラへの遠征、4月21日~22日のブラシア・シティ周辺での作戦などがある。
同連隊は合計297名の兵士を失った。将校3名と下士官兵82名が戦死または致命傷を負い、下士官兵212名が病死した。