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1815年に設立されたコッタヤムの旧神学校[ 2 ]は、マラバール正教会シリア教会の発展に大きく貢献した。教会の指導部は、インドの多宗教的な状況において、新しい神学教育機関を設立すべきだと考えた[ 3 ] [ 4 ]。このことが1994年7月5日から9日にかけて開催された聖主教会議に提起された。会議は、この件を調査するために6人の司教からなる小委員会を任命した。小委員会は1995年2月の会議で報告書を提出し、会議は北インドに神学校を設立することを決定した。
聖公会総会は、カルカッタ教区のステファノス・マル・テオドシウス主教の教区センターのインフラを使用する申し出を受け入れ、1995年9月14日にビライの聖トマス・アシュラムで神学校が設立された。1996年7月の総会で、ビライ神学校は自治権を与えられ、聖トマス正教神学校と命名された。1996年9月25日、神学校は、ステファノス・マル・テオドシウス主教とギーヴァルギース・マル・イヴァニウス主教（コッタヤム）の立ち会いのもと、マラバール教会の宣教委員会の会長であるギーヴァルギース・マル・オスタティオス主教によって正式に開校された。[ 5 ]
しかし、教会は神学校の恒久的な敷地として、ナグプール市から25キロメートル離れたカルメシュワール村に15エーカー（61,000平方メートル）の土地を購入した。ナグプールが選ばれたのは、インドの中心部に位置し、ケララ州以外の4つの教区すべてに近いためである。モラン・マル・バセリウス・マル・トーマ・マシューズ2世は、 1997年12月10日にカルメシュワールに新しい神学校の建物の礎石を据えた。神学校は、テオドシウス主教の指導の下、1999年の夏までビライで運営された。
1999年7月7日、神学校はナーグプルに移転した。レジ・マシュー神父が新校長に任命された。カルメシュワールでは基本的なインフラがまだ整っていなかったため、神学校は夏季学期の間、ナーグプルの聖ジョージ正教会のホールと牧師館を利用した。1999年11月9日、教職員と学生はカルメシュワールに住居を移した。カトリコス指名者トーマス・マル・ティモテウスは、マル・テオドシウス、トーマス・マル・アタナシウス（チェンガンヌール）、ギーヴァルギース・マル・クーリロース（ムンバイ）の立ち会いのもと、新しい寮を開設した。
神学校は15エーカー（61,000平方メートル）の敷地の中央に位置している。敷地内には職員と学生が管理する小さな農場があり、日々の食料の一部を供給している。完成すれば、神学校の建物は2階建ての2つの棟に80の部屋を備え、最終的には蝶のような形になる予定だった。
ステファヌス・マル・テオドシウスは、2002年10月29日に神学校礼拝堂の礎石を据えた。礼拝堂の主な費用はドバイの聖トマス教会が負担した。建設は2004年2月までに完了する予定だった。 2004年2月19日には、マル・オスタティオス、マル・テオドシウス、マル・クーリロスの協力を得て、モラン・マル・バセリウス・マル・トーマ・マシューズ2世が礼拝堂を奉献する予定だった。
聖トマス正教神学校（STOTS）はセランポール大学評議会に加盟しています。[ 6 ]この神学校では、神学士（BD）、聖神学修士（GST）、および正教キリスト教研究のオンラインディプロマを提供しています。GSTは聖職者資格であるため、男子学生のみが取得できます。
2020年現在、ジョッシ・ジェイコブ神父が同校の校長を務めている。[ 7 ]