単波長異常散乱（SAD）は、 X線結晶構造解析で用いられる手法であり、位相問題を解決することでタンパク質やその他の生体高分子の構造決定を容易にする。多波長異常散乱（MAD）とは異なり、SADは単一の適切な波長における単一のデータセットを用いる。
MADと比較すると、SADは位相決定能力が弱く、位相の曖昧さを解消するために密度修正が必要です。[ 1 ]この欠点は、SADの主な利点である結晶がビーム内で過ごす時間を最小限に抑え、データ収集中に分子への放射線損傷の可能性を低減することほど重要ではありません。SADはまた、より幅広い重原子を選択でき、シンクロトロンビームラインなしで実施できます。[ 1 ]現在、組換えタンパク質へのセレノメチオニンの組み込み方法の開発により、セレンSADは実験的位相決定によく使用されています。
SADは「単一波長異常分散」と呼ばれることもあるが、この手法ではデータが単一波長で収集されるため、分散差は利用されない。
参考文献
- 1 2 「PHENIX で使用される一般的な用語の辞書」 . phenix-online.org .
MAD: [...] エッジ周辺の異常散乱の違いにより、SAD 実験に存在する位相の曖昧さなしに位相角を計算できますが、解釈しやすいマップを取得するには、通常は密度修正がまだ必要です。 [...] MAD 位相決定は非常に強力ですが、重原子の選択肢がより限られていること、放射線損傷を避けるのが難しいこと、シンクロトロンビームラインが必要であることから、SAD に比べて人気がやや低下しています。 [...] SAD: [...] SAD は、セレノメチオニンが組み込まれたタンパク質でよく実行されますが、異常散乱原子であればどれでも使用できます (データの品質が非常に高い場合は硫黄も含む)。
さらに読む
- WA Hendrickson (1985). 「多波長回折測定によるタンパク質構造の解析」Trans. ACA Vol 21.
- J. Karle (1980).「生物学における高分子システムの構造研究のための異常分散法のいくつかの発展」International Journal of Quantum Chemistry: Quantum Biology Symposium 7, 357–367.
- J. Karle (1989). 「一種類の異常散乱体が支配的な構造の線形代数解析」Acta Crystallogr . A45, 303–307.
- A. Pahler、JL Smith、WA Hendrickson (1990)「多波長異常分散からの位相情報の確率表現」Acta Crystallogr . A46、537–540。
- TC ターウィリガー (1994)。 「MAD フェーズ: FA のベイズ推定」Acta Crystallogr。 D50、11–16。
- TC Terwilliger (1994). "MAD位相決定：分散差を同形置換情報として扱う" Acta Crystallogr . D50, 17–23.
- R. Fourme、W. Shepard、R. Kahn、G l'Hermite、IL de La Sierra (1995)「高分子結晶学における多波長異常溶媒コントラスト（MASC）法」シンクロトロン放射線ジャーナル2、36-48。
- E. de la Fortelle および G. Bricogne (1997)「多重同形置換法および多波長異常回折法のための最尤法による重原子パラメータの精密化」Methods in Enzymology 276, 472–494.
- WA Hendrickson および CM Ogata (1997)「多波長異常回折測定による位相決定」Methods in Enzymology 276、494–523。
- J. Bella & MG Rossmann (1998). "複数のMADおよびMIRデータのための一般的な位相決定アルゴリズム" Acta Crystallogr. D54, 159–174.
- JM Guss、EA Merritt、RP Phizackerley、B. Hedman 、 M. Murata、KO Hodgson、およびHC Freeman (1989)。「多波長X線回折による位相決定：キュウリ由来の塩基性青色銅タンパク質の結晶構造」。Science 241、806–811。
- B. Vijayakumar および D. Velmurugan (2013). 「Cu Kα 波長でのリゾチームの SAD 位相決定のためのユーロピウムイオンの使用」Acta Crystallogr . F69, 20–24.
- JP Rose & BC Wang (2016)「SADフェージング：歴史、現在の影響、そして将来の機会」Archives Biochem Biophys 602, 80-94.
外部リンク
- MAD位相制御―例、図解、参考文献を含む詳細なチュートリアル。
コンピュータプログラム
- SSRL吸収パッケージ— Brennan S、Cowan PL (1992)。「任意の波長における様々な材料のX線吸収、反射、回折性能を計算するためのプログラム群」。Rev . Sci. Instrum . 63 (1 ) : 850。Bibcode : 1992RScI...63..850B。doi : 10.1063 / 1.1142625。
- CHOOCH — Evans G、Pettifer RF (2001)。「CHOOCH: X線蛍光スペクトルから異常散乱因子を導出するためのプログラム」。J . Appl. Crystallogr . 34 (1): 82– 86. doi : 10.1107/S0021889800014655。
- シェイクアンドベイク（ SnB） — Smith GD、Nagar B、Rini JM、Hauptman HA、Blessing RH（1998 ） 。「異常散乱サブ構造を決定するためのSnBの使用」。Acta Crystallogr D。54（Pt 5）：799–804。Bibcode ：1998AcCrD..54..799S。doi ： 10.1107 / S0907444997018805。PMID 9757093。
- SHELX — Sheldrick GM (1998). "SHELX:高分子への応用". S Fortier (編).高分子構造を解くための直接法. ドルドレヒト: Kluwer Academic Publishers. pp. 401–411 . ISBN 0-7923-4949-0。
{{cite book}}: CS1メンテナンス: パブリッシャーの場所 (リンク)
チュートリアルと例
- エヴァンス、グウィンダフ（1994年10月）。「最適なX線エネルギーでのシンクロトロン放射光を用いた多波長異常回折法：タンパク質結晶学への応用」。博士論文。ウォーリック大学。
