ペルオキシベース

PeroxiBaseデータベースは、植物ペルオキシダーゼの研究を専門とする 2 人の植物生物学者によって、2003 年末にジュネーブ大学(スイス)で作成されました。最初はクラス III ペルオキシダーゼ (植物ペルオキシダーゼ) に限定されていましたが、その後、すべての可能性のあるヘムおよび非ヘムペルオキシダーゼタンパク質配列を含むように拡張されました。ジュネーブ大学の多くの研究者とバイオインフォマティクス専門家がデータベースの開発に協力し、ペルオキシダーゼ配列の数を急速に増やしました。2005 年以降、データベースは外部からの貢献を受け入れており、それらは PeroxiBase キュレーターによって検証されています。現在、ヘムおよび非ヘムペルオキシダーゼ配列の大部分は PeroxiBase で見つけることができます。^[1]

このデータベースは、スイスバイオインフォマティクス研究所によってホストされています。

ペルオキシダーゼ配列は、既存の注釈付き配列として、または生データ（全ゲノム配列決定プロジェクト）から、他の一般公開データベース（NCBI、TIGR、UniProt KnowledgeBase：使用されるすべてのデータベースはPeroxiBaseにリストされています）から取得されます。

• ペルオキシダーゼ配列に関する情報を再編成する集中プラットフォームを科学コミュニティに公的に（非営利的に）提供する。考えられる用途：より高速な配列検索、系統解析、発現プロファイルの決定
• 既存の配列を手動で再注釈する（自動注釈では誤った予測につながることがある）
• 他のデータベースではまだ入手できない新しい配列を取得する：注釈のないゲノム、シーケンシンググループからの外部貢献

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