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分子生物学において、PRINTSデータベースはいわゆる「フィンガープリント」のコレクションです。^[1]^{[2]これは、}タンパク質ファミリーの詳細な注釈リソースと、新たに決定された配列の診断ツールの両方を提供します。フィンガープリントは、複数の配列アライメントから取得された保存されたモチーフのグループであり、モチーフが一緒になって、アライメントされたタンパク質ファミリーの特徴的なシグネチャを形成します。モチーフ自体は、必ずしも配列が連続している必要はありませんが、3D空間で一緒になって分子結合部位または相互作用面を定義する場合があります。フィンガープリントの診断上の強みは、クラン、スーパーファミリー、ファミリー、サブファミリーのレベルで配列の違いを区別できることです。これにより、特性が明らかでない配列のきめ細かい機能診断が可能になり、たとえば、結合するリガンドまたは相互作用するタンパク質に基づいてファミリーメンバーを区別したり、潜在的なオリゴマー化またはアロステリック部位を強調表示したりすることができます。

PRINTS は、タンパク質ファミリー、ドメイン、機能部位の広く使用されているデータベースである統合リソースInterProの創設パートナーです。

参考文献

^ Attwood, TK ; Bradley, P.; Flower, DR; Gaulton, A.; Maudling, N.; Mitchell, AL; Moulton, G.; Nordle, A.; Paine, K.; Taylor, P.; Uddin, A.; Zygouri, C. (2003). 「PRINTS とその自動補足 prePRINTS」. Nucleic Acids Research . 31 (1): 400–402. doi :10.1093/nar/gkg030. PMC 165477. PMID 12520033 .
^ Scordis, P.; Flower, DR; Attwood, TK (1999). 「FingerPRINTScan: PRINTS モチーフデータベースのインテリジェント検索」.バイオインフォマティクス. 15 (10): 799–806. doi : 10.1093/bioinformatics/15.10.799 . PMID 10705433.

外部リンク

PRINTS データベース (マンチェスター大学バイオインフォマティクス教育研究)

[1] Attwood, TK ; Bradley, P.; Flower, DR; Gaulton, A.; Maudling, N.; Mitchell, AL; Moulton, G.; Nordle, A.; Paine, K.; Taylor, P.; Uddin, A.; Zygouri, C. (2003). 「PRINTS とその自動補足 prePRINTS」. Nucleic Acids Research . 31 (1): 400–402. doi :10.1093/nar/gkg030. PMC 165477. PMID 12520033 .

[2] Scordis, P.; Flower, DR; Attwood, TK (1999). 「FingerPRINTScan: PRINTS モチーフデータベースのインテリジェント検索」.バイオインフォマティクス. 15 (10): 799–806. doi : 10.1093/bioinformatics/15.10.799 . PMID 10705433.