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モデル生物データベース( MOD )は、集中的に研究されているモデル生物の詳細な生物学的データの提供に特化した生物学的データベース、または知識ベースです。MOD を使用すると、研究者は大量の遺伝子セットに関する背景情報を簡単に見つけ、実験を効率的に計画し、データを既存の知識と統合し、新しい仮説を立てることができます。[1] [2] MODを使用すると、ユーザーは結果を分析してデータセットを解釈することができ、生成されたデータは、あまり研究されていない種を説明するためにますます使用されています。[1] MOD は、可能な限り、生物学的情報を収集して表現するための共通のアプローチを共有しています。たとえば、すべての MOD は、特定の遺伝子産物の機能、プロセス、および細胞内の位置を説明するために、遺伝子オントロジー(GO) [3] [4]を使用します。異なる MOD 間でのキュレーション、視覚化、およびクエリのためのソフトウェア共有を可能にするプロジェクトも存在します。[5]ただし、生物の多様性とさまざまなユーザー要件により、MOD ではデータのキャプチャ、表示、および提供をカスタマイズする必要がある場合があります。[1]
データとサービスの種類
モデル生物データベースは、専門知識と文献収集およびバイオインフォマティクスを組み合わせることで、種固有の情報を統合的に生成、収集、照合します。
生物学研究コミュニティに提供されるサービスには以下が含まれます。
- ゲノム配列注釈
- ゲノムにおける遺伝子と制御領域の位置
- 遺伝子産物の機能的キュレーション
- 遺伝子オントロジー（GO）注釈、表現型、遺伝子発現、経路情報などのさまざまなデータを調べて、遺伝子産物が果たす機能を識別する
- タンパク質/RNA配列注釈
- 解剖学的情報
- 在庫センター
- オーソロジー
モデル生物データベース一覧
参考文献
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