マトリックスDB

マトリックスDB
コンテンツ
説明	細胞外マトリックス相互作用データベース。
; キャプチャされたデータの種類	相互作用データベース、生化学、Biacore、SPR
生物	すべて（人間のみ可能）
接触
研究室	IBCP - UMR5086 CNRS / リヨン大学1 - フランス
著者	エミリー・ショータール、ギョーム・ローネー、ニコラ・ティエリー＝ミエグ、ロマン・サルザ、フランク・ペイスロン、マリー・ファトゥー＝アルドール、ソフィアン・バダウイ、シルヴァン・ヴァレ、ライオネル・バリュ、ドリアン・ムルテド、シルヴィー・リカール＝ブルーム。
主な引用	20852260 の検索結果
アクセス
標準	PSI-MI
Webサイト	リヨン大学

MatrixDBは、細胞外タンパク質と多糖類の分子間相互作用に焦点を当てた生物学データベースです。^[1] MatrixDBは、細胞外タンパク質の多量体の性質を考慮に入れています（たとえば、コラーゲン、ラミニン、トロンボスポンジンは多量体です）。このデータベースは2009年に最初にリリースされ^[2]、クロード・ベルナール大学リヨン1のUMR5246にあるSylvie Ricard-Blumの研究グループによって管理されています。

MatrixDBはUniGeneおよびHuman Protein Atlasとリンクしています。また、ユーザーはカスタマイズされた組織および疾患固有の相互作用ネットワークを構築することができ、CytoscapeまたはMedusaを使用してさらに分析および視覚化することができます。^[1]

MatrixDBは、相互作用データの主要な公的プロバイダーのグループである国際分子交換コンソーシアム（IMEx）^{[3]の積極的なメンバーです。他の参加データベースには、Biomolecular Interaction Network Database（BIND）}^[4] 、 IntAct、^[5]、 Molecular Interaction Database（MINT）^[6] 、 MIPS、^[7] MPact、BioGRID ^[3]などがあります。IMExのデータベースは、重複するソースからデータを収集し、キュレーションされた相互作用データを共有することで、作業の重複を防ぐために連携しています。IMExコンソーシアムは、相互作用データの注釈付けと交換のためのHUPO - PSI -MI XML標準形式の開発にも取り組みました。^[3]^{[8] MatrixDBには、文献から手動キュレーションによって抽出された相互作用データが含まれており、IMExパートナーデータベースからPSICQUICウェブサービスを通じて提供される細胞外タンパク質に関連するデータや、}ヒトタンパク質参照データベースのデータにアクセスできます。

参考文献

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外部リンク

リヨン大学
http://www.icbms.fr/aspe

[main-ref-1] Chautard, E.; Fatoux-Ardore, M.; Ballut, L.; Thierry-Mieg, N.; Ricard-Blum, S. (2010 年 9 月 17 日). 「MatrixDB、細胞外マトリックス相互作用データベース」. Nucleic Acids Research . 39 (データベース): D235–D240. doi :10.1093/nar/gkq830. PMC 3013758. PMID 20852260.

[2] Chautard, E.; Ballut, L.; Thierry-Mieg, N.; Ricard-Blum, S. (2009年1月15日). 「MatrixDB、細胞外タンパク質間およびタンパク質-炭水化物相互作用に焦点を当てたデータベース」.バイオインフォマティクス. 25 (5): 690–691. doi :10.1093/bioinformatics/btp025. PMC 2647840. PMID 19147664 .

[imex-3] サウスカロライナ州abc オーチャード;ケリアン、S.アッバニ、Ｓ．アランダ、B.バーテ、J.ビッドウェル、S.ブリッジ、A.ブリガンティ、L.ブリンクマン、F.チェザレーニ、G.チャトル・アリヤモントリ、A.ショータール、E.チェン、C.デュムソー、M.ゴル、J.ハンコック、R.ハニック、リー;ジュリシカ、I。カダケ、J.リン、DJ。マハデヴァン、米国;ペルフェット、L.ラグナス、A.リカール・ブルーム、S.ロチャート、B.サルウィンスキー、L.シュトゥンプフレン、V.タイアーズ、M.ウエッツ、P.ゼナリオス、I. (2012)。「タンパク質相互作用データのキュレーション：国際分子交換（IMEx）コンソーシアム」。Nature Methods . 9（4）：345–350. doi：10.1038/nmeth.1931. PMC 3703241. PMID 22453911 .

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[hupo-psi-8] ヘルムヤコブ、ヘニング;モンテッキパラッツィ、ルイーザ;ベイダー、ゲイリー。ウォジク、ジェローム。サルウィンスキー、ルカシュ。セオル、アルノー。ムーア、スーザン。オーチャード、サンドラ。サルカン、ウギス。フォン・メーリング、クリスチャン。ベルント・ロヒャート;プー、シルヴァン。ユング、エヴァ。メルシュ、ヘニング。カーシー、ポール。ラッペ、マイケル。リー、イシュエ。ゼン、ロン。ラナ、デバシ。ニコルスキー、マッハ。フーシ、ホルガー。ブラン、クリスティーン。シャンカー、K。グラント、セス GN;サンダー、クリス。ボーク、ピア。朱偉民。パンディ、アキレシュ。ブラズマ、アルヴィス。ジャック、バーナード。ビダル、マルク。シャーマン、デイビッド。ルグラン、ピエール。 Cesareni, Gianni; Xenarios, Ioannis; Eisenberg, David; Steipe, Boris; Hogue, Chris; Apweiler, Rolf (2004)。「HUPO PSI の分子相互作用フォーマット - タンパク質相互作用データの表現のためのコミュニティ標準」。Nature Biotechnology。22 (2): 177–183. doi :10.1038/nbt926. PMID 14755292. S2CID 17557764.