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ヨハン・フリードリヒ3世（ヨハン・フリードリヒ2世、1538年1月16日 - 1565年10月21日）は、ドイツの貴族。ヴェッティン家のエルネスティン分家出身で、名目上はザクセン公であった。ザクセン＝ゴータを小領地として与えられたが、その統治は長兄に任せた。
ヨハン・フリードリヒは、ザクセン選帝侯ヨハン・フリードリヒ寛大公と、クレーフェ公ヨハン3世の娘シビレとの結婚によって生まれた4番目の末息子であった。
幼少期のネグレクトが原因で、彼は常に病弱で虚弱だった。幼い頃から神学に興味を持ち、イエナ大学で神学を学んだ。
1554年に父が亡くなった後、彼はザクセン＝ゴータを小作地として受け継いだ。未成年であったため、1557年まで彼とその財産は長兄のヨハン・フリードリヒ2世の後見と摂政下に置かれていた。1557年からは、ザクセン＝ゴータを単独で統治することが許された。しかし、彼は長兄と契約を結び、長兄が4年間小作地を管理することになった。1561年、この契約はさらに4年間延長された。
ヨハン・フリードリヒ3世は1565年、27歳で未婚のまま子を残さずに亡くなった。彼はヴァイマル市教会に埋葬された。彼の性格上、単独で行動することはほとんどなく、通常は兄弟が代理を務めた。