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| コンテンツ | |
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| 説明 | 転写因子結合プロファイルのオープンアクセスデータベース |
キャプチャされたデータの種類 | 真核生物の転写因子、その結合部位および結合プロファイル |
| 生物 | 真核生物 |
| 接触 | |
| 著者 | サンデリン、A |
| 主な引用 | サンデリン、A. et al. (2004) [1] |
| 発売日 | 2004 |
| アクセス | |
| Webサイト | ジャスパー |
JASPARは、 6つの分類群の種の転写因子（TF）の位置頻度マトリックス（PFM）と転写因子フレキシブルモデル（TFFM）[2]として保存された、手動でキュレーションされた非冗長な転写因子（TF）結合プロファイルのオープンアクセスで広く使用されているデータベースです。提供されたPFMから、ユーザーは位置固有の重みマトリックス（PWM）を生成できます。JASPARデータベースは2004年に導入されました。2006年、2008年、2010年、2014年、2016年、2018年、2020年、2022年に7回の主要な更新と新規リリースがあり、これがJASPARの最新リリースです。[3] [4] [5] [6] [7] [8] [9]
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可用性
JASPAR データベースはオープンソースであり、科学コミュニティは http://jaspar.genereg.net/ から無料で利用できます。
類似データベース
- TRANSFAC – 転写因子データベース
- HOCOMOCO - ホモサピエンス総合モデルコレクション
- PAZAR 2017-09-12にWayback Machineでアーカイブ- 実験的に検証された転写因子結合部位に焦点を当てたデータベース
- TFe アーカイブ 2017-09-18 at the Wayback Machine – 転写因子百科事典
- AnimalTFDB – 動物転写因子データベース
- PlantCARE – 植物のシス調節要素と転写因子 (2002)
- RegTransBase - 多様な細菌における転写因子結合部位。
- RegulonDB –大腸菌の転写制御に関する主要なデータベース
- TRRD – 転写調節領域データベース、主に調節領域と TF 結合部位に関するもの
- PlantRegMap 植物転写制御マップ
- MethMotif DNA メチル化プロファイルと結合した細胞特異的転写因子結合部位モチーフの統合データベース。
参考文献
- ^ Sandelin, A; Alkema, W; Engström, P; Wasserman, WW; Lenhard, B (2004 年 1 月 1 日). 「JASPAR: 真核生物転写因子結合プロファイルのオープンアクセス データベース」. Nucleic Acids Research . 32 (データベース号): D91-4. doi :10.1093/nar/gkh012. PMC 308747. PMID 14681366 .
- ^ Mathelier, A; Wasserman, WW (2013年9月5日). 「次世代の転写因子結合部位予測」. PLOS Computational Biology . 9 (9): e1003214. Bibcode :2013PLSCB...9E3214M. doi : 10.1371/journal.pcbi.1003214 . PMC 3764009. PMID 24039567 .
- ^ Vlieghe, D; Sandelin, A; De Bleser, PJ; Vleminckx, K; Wasserman, WW; van Roy, F; Lenhard, B (2006 年 1 月 1 日)。「転写因子結合部位プロファイルのオープンアクセスリポジトリである JASPAR の新世代」。Nucleic Acids Research。34 (データベース号): D95-7。doi : 10.1093/ nar /gkj115。PMC 1347477。PMID 16381983。
- ^ Bryne, JC; Valen, E; Tang, MH; Marstrand, T; Winther, O; da Piedade, I; Krogh, A; Lenhard, B; Sandelin, A (2008 年 1 月)。「転写因子結合プロファイルのオープン アクセス データベース JASPAR: 2008 年更新版の新しいコンテンツとツール」。Nucleic Acids Research。36 (データベース号): D102-6。doi : 10.1093/ nar /gkm955。PMC 2238834。PMID 18006571。
- ^ ポルタレス＝カサマル、E;トンジュア、S;クォン、AT;アレニラス、D;趙、X;ヴァレン、E;ユスフ、D;レンハルト、B;ワッサーマン、WW;サンデリン、A (2010 年 1 月)。 「JASPAR 2010: 大幅に拡張された転写因子結合プロファイルのオープンアクセス データベース」。核酸研究。38 (データベースの問題): D105-10。土井：10.1093/nar/gkp950。PMC 2808906。PMID 19906716。
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- ^ Mathelier, A; Fornes, O; Arenillas, DJ; Chen, CY; Denay, G; Lee, J; Shi, W; Shyr, C; Tan, G; Worsley-Hunt, R; Zhang, AW; Parcy, F; Lenhard, B; Sandelin, A; Wasserman, WW (2016 年 1 月 4 日)。「JASPAR 2016: 転写因子結合プロファイルのオープンアクセス データベースの大幅な拡張と更新」。Nucleic Acids Research。44 ( D1 ): D110-5。doi : 10.1093 / nar/gkv1176。PMC 4702842。PMID 26531826。
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- ^ フォーンズ、オリオール;カストロ＝モンドラゴン、ハイメ・A.カーン、アジズ。ファン・ダー・リー、ロビン。張、習。リッチモンド、フィリップ A.モディ、バヴィ P.コレアルド、ソレンヌ。ゲオルゲ、マリウス。バラナシッチ、ダミール。サンタナ＝ガルシア、ウォルター。タン、ゲ。シェヌビー、ジャンヌ。バレスター、ブノワ。パルシー、フランソワ。サンデリン、アルビン。レンハルト、ボリス。ワッサーマン、ワイエス・W.アンソニー・マテリア（2020年1月8日）。 「JASPAR 2020: 転写因子結合プロファイルのオープンアクセスデータベースの更新」。核酸研究。48 (D1): D87 – D92。土井：10.1093/nar/gkz1001。PMC 7145627。PMID 31701148。
- ^ Xuan Lin QX、Sian S、An O、Thieffry D、Jha S、Benoukraf T（2019年1月）。「MethMotif：DNAメチル化プロファイルと結合した転写因子結合モチーフの統合細胞固有データベース」。核酸 研究。47（D1）： D145 - D154。doi：10.1093/nar/gky1005。PMC 6323897。PMID 30380113。