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倒立顕微鏡とは、光源とコンデンサーがステージの上方、下向きに配置され、対物レンズと回転機構がステージの下方、上向きに配置された顕微鏡のことです。これは、1850年にチューレーン大学（当時はルイジアナ医科大学と呼ばれていた）の教員であったJ・ローレンス・スミスによって発明されました。[ 1 ]
倒立顕微鏡のステージは通常固定されており、対物レンズを垂直軸に沿って動かし、標本に近づけたり遠ざけたりすることで焦点を合わせます。焦点調整機構には、通常、粗動調整と微動調整のための二重同心円状のノブが備わっています。
顕微鏡のサイズに応じて、倍率の異なる4～6個の対物レンズを、レボルバーと呼ばれる回転式ターレットに取り付けることができます。これらの顕微鏡には、静止画カメラや動画カメラ、蛍光照明、共焦点スキャンなど、さまざまな用途に対応するアクセサリーを取り付けることも可能です。
倒立顕微鏡は、従来の顕微鏡のようにスライドガラス上で観察するよりも、大型容器（例えば組織培養フラスコ）の底にある生きた細胞や生物を、より自然な条件下で観察するのに役立ちます。また、倒立顕微鏡は、顕微鏡観察薬剤感受性試験（MODS）と呼ばれる手法において、結核菌を可視化するためにも使用されます。
倒立顕微鏡は、試料の上部にマニピュレーター機構やそれに装着されるマイクロツールのための空間が必要なマイクロマニピュレーション用途や、研磨された試料をステージ上に置き、反射対物レンズを用いて下から観察できる冶金用途で使用される。