親水性プロット

親水性プロットは、タンパク質のアミノ酸の疎水性または親水性の度合いを定量的に分析したものです。これは、タンパク質の可能な構造またはドメインを特徴付けたり識別したりするために使用されます。

プロットのx 軸にはタンパク質のアミノ酸配列が、y 軸には疎水性と親水性の度合いが示されています。水などの極性溶媒と特定のアミノ酸との相互作用の度合いを測定する方法は多数あります。たとえば、Kyte-Doolittle スケールは疎水性アミノ酸を示し、Hopp-Woods スケールは親水性残基を測定します。

プロットの形状を分析すると、タンパク質の部分的な構造に関する情報が得られます。たとえば、約 20 個のアミノ酸が疎水性陽性を示した場合、これらのアミノ酸は、疎水性脂肪酸で構成される脂質二重層にまたがるアルファヘリックスの一部である可能性があります。逆に、親水性が高いアミノ酸は、これらの残基が溶媒または水と接触していることを示しており、したがってタンパク質の外表面に存在する可能性が高いことを示しています。

上記の表のデータは、タンパク質内のセグメントの平均疎水性を評価し、文献から収集したデータを使用するコンピューター プログラムを使用して生成されました。

• ExPASy プロトスケール
• コロラド州のタンパク質疎水性プロット
• バイオインフォマティクスの世界からのハイドロパシープロット