EMデータバンク（または電子顕微鏡データバンク、EMDB）は、生物試料の電子顕微鏡観察によって得られた3DEMマップと関連する実験データを収集しています。EMDBは、EMDataBank.orgコンソーシアムの欧州拠点がある欧州バイオインフォマティクス研究所（EBI）のMSD/PDBeグループで2002年に設立されました。 [ 2 ] 2025年現在このリソースには、平均解像度7.6Åの50,000を超える3DEMマップエントリが含まれており、2015年には平均解像度15Åのエントリが2,600件あったことから、この分野の成長を反映している。[ 3 ]
データの登録は当初EMdep登録インターフェースを介して行われていましたが、2016年以降はwwPDB OneDepインターフェースにデータ登録が組み込まれています。[ 4 ]
NIHのクライオ電子顕微鏡用統合データリソースの下で、構造生物学研究協力機構（RCSB）はEMDBデータの登録、データ処理、配布センターとしての役割も担っており、国立高分子イメージングセンター（NCMI）はEMDBに関するサービスやツールを提供する協力パートナーとなっている。
EMデータバンクはEMsearch検索ツールも提供しており、データはRCSB、EMBL-EBI、PDBjでも照会できます。
EMDBは、リボソーム、シャペロン、ポリメラーゼ、多機能酵素、ウイルスなど、あらゆる種類の生物学的集合体の三次元密度マップを収録したアーカイブです。スクリップス海洋研究所のViper EMDBは、ウイルスの三次元EMマップを収録した別のデータベースです。
高解像度（5Å以上）構造の新世代の手法を比較評価するために、EMDBは、Journal of Structural Biologyの特集号で報告された最初のCryoEMマップチャレンジとCryoEMモデルチャレンジを開催しました。[ 5 ]
参考文献
- ↑ wwPDB、コンソーシアム（2024年11月）。「EMDB—電子顕微鏡データバンク」。核酸研究。52 （D1）：D456-465。doi ： 10.1093 /nar / gkad1019。PMC 10767987。PMID 37994703。
- ↑ EMDB. "電子顕微鏡データバンク" .電子顕微鏡データバンク. 2021年8月5日取得.
- ↑ Esquivel-Rodríguez, J; Xiong, Y; Han, X; et al. (2015年5月30日). "EM-SURFERによる3D電子顕微鏡マップのナビゲーション" . BMC Bioinform. 16 (181): 181. doi : 10.1186/s12859-015-0580-6 . PMC 4448178 . PMID 26025554 .
- ↑ Young, JY; Westbrook, JD; Feng, Z; et al. (2017). "OneDep: PDBアーカイブにおける高分子構造の登録、バイオキュレーション、検証のための統合wwPDBシステム" . Structure . 25 (3): 536– 545. doi : 10.1016/j.str.2017.01.004 . PMC 5360273 . PMID 28190782 .
- ↑ Lawson, Catherine; Chiu, Wah 編 (2018). "クライオEM構造マップとモデルの課題" . Journal of Structural Biology . 204 (1). ISSN 1047-8477 .
参考文献
- Tagari, Mohamed; Newman, Richard; Chagoyen, Monica; Carazo, Jose-Maria; Henrick, Kim (2002). 「新しい電子顕微鏡データベースとデータ保存システム」. Trends in Biochemical Sciences . 27 (11): 589. doi : 10.1016/s0968-0004(02)02176-x . PMID 12417136 .
- Fuller, Stephen D. (2003). "電子顕微鏡マップの堆積" . Structure . 11 (1): 11– 12. doi : 10.1016/s0969-2126(02)00942-5 . PMID 12517335 .
- Henrick, K; Newman, R; Tagari, M; Chagoyenb, M (2003). "EMDep: 高解像度電子顕微鏡による高分子構造情報の登録と検証のためのウェブベースシステム". Journal of Structural Biology . 144 ( 1–2 ): 228–237 . doi : 10.1016/j.jsb.2003.09.009 . PMID 14643225 .
- Heymann, J. Bernard; Chagoyen, Mónica; Belnap, David M. (2005). "構造生物学における三次元電子顕微鏡情報の交換とアーカイブに関する共通規約". Journal of Structural Biology . 151 (2): 196–207 . doi : 10.1016/j.jsb.2005.06.001 . PMID 16043364 .
- Tagari, M.; Tate, J.; Swaminathan, GJ; et al. (2006). "E-MSD: データ登録と構造品質の向上" . Nucleic Acids Research . 34 (データベース特集号): 287–290 . doi : 10.1093/nar/gkj163 . PMC 1347525 . PMID 16381867 .
外部リンク
- 分子顕微鏡用ソフトウェアツール
- EMデータバンク
- 日本検索ページ（PDBjのEMナビゲーター）
