EggNOG (データベース)

エッグノッグ
コンテンツ
説明	複数の分類レベルでのオーソログタンパク質と機能注釈のデータベース。
接触
研究センター	欧州分子生物学研究所
著者	Huerta-Cepas ら
主な引用	Huerta-Cepas et al. (2015)
発売日	2015
アクセス
Webサイト	翻訳元:

eggNOGデータベースは、EMBLがホストする生物学的情報のデータベースです。これは、COG（オーソロググループのクラスター）^[2]^[3]という独自のアイデアに基づいており、そのアイデアを多数の生物から構成される非教師ありオーソロググループに拡張しています。^[4]このデータベースは2007年に作成され^[5]、2015年にバージョン4.5に更新されました。[ ^1] eggNOGは、遺伝子の進化的系譜：非教師ありオーソロググループの略です。

参考文献

^ ab Huerta-Cepas J, Szklarczyk D, Forslund K, Cook H, Heller D, Walter MC, Rattei T, Mende DR, Sunagawa S, Kuhn M, Jensen LJ, von Mering C, Bork P (2016). 「eggNOG 4.5: 真核生物、原核生物、ウイルス配列の機能注釈が改善された階層的オルソロジーフレームワーク」Nucleic Acids Res . 44 (D1): D286–93. doi :10.1093/nar/gkv1248. PMC 4702882 . PMID 26582926.
^ Tatusov RL、Koonin EV、 Lipman DJ (1997)。「タンパク質ファミリーに関するゲノム的視点」。Science。278 ( 5338): 631–7。Bibcode : 1997Sci ...278..631T。doi : 10.1126 /science.278.5338.631。PMID 9381173 。
^ Tatusov RL、Galperin MY、Natale DA、Koonin EV (2000)。「COGデータベース：タンパク質機能と進化のゲノムスケール解析ツール」。Nucleic Acids Res . 28 (1): 33–6. doi :10.1093/nar/28.1.33. PMC 102395 . PMID 10592175。
^ Powell, Sean; Szklarczyk, Damian; Trachana, Kalliopi; Roth, Alexander; Kuhn, Michael; Muller, Jean; Arnold, Roland; Rattei, Thomas; Letunic, Ivica; Doerks, Tobias; Jensen, Lars J; von Mering, Christian; Bork, Peer (2012 年 1 月)。「eggNOG v3.0: 41 の異なる分類範囲の 1133 種の生物を網羅する相同グループ」。核酸研究。40 ( D1 ): D284 – D289。doi :10.1093/nar/gkr1060。PMC 3245133。PMID 22096231 。
^ Jensen LJ、Julien P、Kuhn M、von Mering C、Muller J、Doerks T、Bork P (2008)。「eggNOG: 遺伝子の相同グループの自動構築と注釈付け」。Nucleic Acids Res . 36 (データベース号): D250–4。doi :10.1093/ nar /gkm796。PMC 2238944。PMID 17942413。

外部リンク

翻訳元:

[pmid26582926-1] Huerta-Cepas J, Szklarczyk D, Forslund K, Cook H, Heller D, Walter MC, Rattei T, Mende DR, Sunagawa S, Kuhn M, Jensen LJ, von Mering C, Bork P (2016). 「eggNOG 4.5: 真核生物、原核生物、ウイルス配列の機能注釈が改善された階層的オルソロジーフレームワーク」Nucleic Acids Res . 44 (D1): D286–93. doi :10.1093/nar/gkv1248. PMC 4702882 . PMID 26582926.

[pmid9381173-2] ^ Tatusov RL、Koonin EV、 Lipman DJ (1997)。「タンパク質ファミリーに関するゲノム的視点」。Science。278 ( 5338): 631–7。Bibcode : 1997Sci ...278..631T。doi : 10.1126 /science.278.5338.631。PMID 9381173 。

[pmid10592175-3] Tatusov RL、Galperin MY、Natale DA、Koonin EV (2000)。「COGデータベース：タンパク質機能と進化のゲノムスケール解析ツール」。Nucleic Acids Res . 28 (1): 33–6. doi :10.1093/nar/28.1.33. PMC 102395 . PMID 10592175。

[pmid22096231-4] Powell, Sean; Szklarczyk, Damian; Trachana, Kalliopi; Roth, Alexander; Kuhn, Michael; Muller, Jean; Arnold, Roland; Rattei, Thomas; Letunic, Ivica; Doerks, Tobias; Jensen, Lars J; von Mering, Christian; Bork, Peer (2012 年 1 月)。「eggNOG v3.0: 41 の異なる分類範囲の 1133 種の生物を網羅する相同グループ」。核酸研究。40 ( D1 ): D284 – D289。doi :10.1093/nar/gkr1060。PMC 3245133。PMID 22096231 。

[pmid17942413-5] Jensen LJ、Julien P、Kuhn M、von Mering C、Muller J、Doerks T、Bork P (2008)。「eggNOG: 遺伝子の相同グループの自動構築と注釈付け」。Nucleic Acids Res . 36 (データベース号): D250–4。doi :10.1093/ nar /gkm796。PMC 2238944。PMID 17942413。