EBアイ

EBアイ
EBI検索
形成	2006
タイプ	非営利学術団体
サービス	バイオインフォマティクスの研究とサービス
Webサイト	英文

EB -eyeはEBI Searchとも呼ばれ、欧州バイオインフォマティクス研究所（EBI）がホストする生物学的データリソースへの統一されたアクセスを提供する検索エンジンです。^[1]^[2]

EB-eye – 生物学データのためのEBI検索エンジン

欧州バイオインフォマティクス研究所は、欧州分子生物学研究所 (EMBL) の一部である非営利の学術組織です。EBI はバイオインフォマティクスの研究とサービスの中心です。研究所は、ヌクレオチド配列、タンパク質配列、高分子構造などの生物学的データのデータベースを管理しています。

EBIの使命

科学の進歩を促進する方法で、科学コミュニティに無料で利用可能なデータとバイオインフォマティクスサービスを提供します。
研究者主導によるバイオインフォマティクスの基礎研究を通じて生物学の進歩に貢献すること。
博士課程の学生から独立した研究者まで、あらゆるレベルの科学者に高度なバイオインフォマティクスのトレーニングを提供します。
最先端技術を産業界に普及させる。

EB-eyeとは何ですか？

EB-eye は高速かつ効率的な検索エンジンであり、現在EBIでホストされている生物学データリソースへの簡単かつ均一なアクセスを提供しています。

このプロジェクトは 2006 年 8 月に開始され、 Apache Luceneテクノロジに基づいて開発されました。これは、非常に強力なインデックス作成機能と検索機能を提供する Java フレームワークです。

EB-eye は、検索のヒットを非常にシンプルな方法で表示し、専用ポータルの生物学エントリや関連情報にアクセスするためのゲートウェイとして機能します。EB-eye の重要な機能の 1 つは、さまざまなデータベース間に存在する関係を首尾一貫して表示し、ユーザーがこの相互参照ネットワークをナビゲートできるようにする機能です。

ユーザーは、「グローバル検索」ボックスを使用してすべてのEBIデータリソースをグローバルに検索したり、EB-eye クエリビルダーを使用して対象リソースに対してより具体的なクエリを作成したりすることもできます。

EB-eye は、Web とWeb サービス RESTfulインターフェースの両方を公開します。

EB-eyeへのアクセス

EBIウェブサイトより
https://www.ebi.ac.uk/ebisearch より
RESTful WebサービスAPIから

グローバル検索

グローバル検索はEBI Web サイトで利用できます。テキスト検索ボックスに検索語句をいくつか入力し、検索ボタンを押す (または Enter キーを押す) だけです。すると、さまざまなデータセットのリストと、それぞれのデータセットで見つかった一致の数を示す概要ページが表示されます。

グローバル検索の例

インスリン受容体の検索
p53を検索
ウェブ制作チームを探す
大腸菌ではなく大腸菌を検索
C2H2 ジンクフィンガーファミリーの検索
DNA結合の検索

クエリビルダー

クエリビルダーを使用すると、ユーザーは利用可能なデータに対して複雑なクエリを作成して保存し、特定の検索結果を取得できます。複雑なクエリの例のセクションを参照してください。

ユーザーはどのようなものを検索できますか?

EBI の多くのリソースは検索エンジン内でインデックス化されていますが、一部はインデックス化されていません。EB-eye は、インデックス化された情報のみを検索できます。これは、生物学データで動作する他の検索エンジンでは異なる結果が返される可能性があることを意味します。経験則として、EB-eye 検索エンジンは識別子、名前、説明、キーワード、相互参照をインデックス化します。

複雑なクエリの例

説明を検索:azurin
ペアボックスタンパク質を検索しますが、フラグメントまたはパキシリンは検索しません
UniProtKB で説明:(ペアボックスタンパク質) INTERPRO:(IPR001523) を検索
(細菌または生物) AND (未確認または未培養) (環境サンプル) を検索
カルシウム振動の検索（カルシウム振動モデル）

相互参照による検索も可能です。

EB-eye のヘルプとドキュメント

この検索エンジンの使用方法の詳細については、EB-eye のヘルプとドキュメントを参照してください。

EB-eyeへのプログラムによるアクセス

EB-eye は、EB-eye RESTful インターフェイスを使用したWeb サービステクノロジを通じてプログラム的にアクセスすることもできます。EB-eye RESTful WADL ( Web アプリケーション記述言語) は公開されています。EBI のメイン Web サービスページも参照してください。

生物学/バイオインフォマティクスにおけるその他の Lucene ベースの検索エンジン

Lucene は、かなり前から存在しています。多くのバイオインフォマティクスセンターが、生物学データとデータベースで Lucene の使用を実験してきました。この分野の先駆的な開発は、インディアナ大学の Don Gilbert 博士が主導する LuceGene と呼ばれ、GMOD (モデル生物データベースの汎用ソフトウェアコンポーネント) イニシアチブの一部です。もう 1 つの例は、UniProt Web サイトの検索エンジンです。これも Lucene に基づいており、大規模なデータセットの並べ替え、データセット間のサブクエリ、グループ化クエリなどの機能が追加されています。Lucene は、Wikipedia の質問応答システム QuALM でも使用されています。

参考文献

^ Squizzato S.; Park YM; Buso N.; Gur T.; Cowley A.; Li W.; Uludag M.; Pundir S.; Cham JA; McWilliam H.; Lopez R. (2015). 「EBI 検索エンジン: EMBL-EBI の生物学的データの検索と取得機能の提供」Nucleic Acids Res . 43 (W1): W585-8. doi :10.1093/nar/gkv316. PMC 4489232 . PMID 25855807.
^ Valentin F.; Squizzato S.; Goujon M.; McWilliam H.; Paern J.; Lopez R. (2010). 「EB-eye を使用した生物学的データリソースの高速かつ効率的な検索」Brief Bioinform . 11 (4): 375–384. doi : 10.1093/bib/bbp065 . PMC 2905521. PMID 20150321 .

「EMBnet.News (第14巻、第1号、2007年12月)」。EMBnetNews。2007年12月。 2009年4月1日閲覧。

外部リンク

EB-eye検索エンジン
Apache Lucene プロジェクトの Web サイト
UniProtウェブサイト
GMOD モデル生物データベース用汎用ソフトウェアコンポーネント

[pmid25855807-1] Squizzato S.; Park YM; Buso N.; Gur T.; Cowley A.; Li W.; Uludag M.; Pundir S.; Cham JA; McWilliam H.; Lopez R. (2015). 「EBI 検索エンジン: EMBL-EBI の生物学的データの検索と取得機能の提供」Nucleic Acids Res . 43 (W1): W585-8. doi :10.1093/nar/gkv316. PMC 4489232 . PMID 25855807.

[pmid20150321-2] Valentin F.; Squizzato S.; Goujon M.; McWilliam H.; Paern J.; Lopez R. (2010). 「EB-eye を使用した生物学的データリソースの高速かつ効率的な検索」Brief Bioinform . 11 (4): 375–384. doi : 10.1093/bib/bbp065 . PMC 2905521. PMID 20150321 .