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DIALIGN-TX は、 Amarendran R. Subramanian によって書かれた多重配列アライメントプログラムであり、新しいアルゴリズムで貪欲アライメント戦略と漸進アライメント戦略を組み合わせることで DIALIGN-T を大幅に改良したものです。
オリジナルのDIALIGN-T は、多重アラインメント プログラム DIALIGN の再実装です。いくつかのアルゴリズムの改善により、以前のバージョンの DIALIGN よりも、ローカルおよびグローバルに関連するシーケンス セットで大幅に優れたアラインメントが生成されます。ただし、プログラムのオリジナルの実装と同様に、DIALIGN-T は、ローカルのペアワイズ シーケンス類似性から多重アラインメントを組み立てるために、単純な貪欲アプローチを使用します。このような貪欲アプローチは、偽のランダム類似性に対して脆弱である可能性があり、したがって、最適ではない結果につながる可能性があります。DIALIGN-TX は、以前の貪欲アルゴリズムとプログレッシブ アラインメント アプローチを組み合わせた、DIALIGN-T の大幅な改善です。
参照
参考文献
- Subramanian AR、Kaufmann M、Morgenstern B. DIALIGN-TX: セグメントベースの多重配列アラインメントのための貪欲かつ漸進的なアプローチ。分子生物学のためのアルゴリズム2008、3:6
- Subramanian AR、Weyer-Menkhoff J、Kaufmann M、Morgenstern B. DIALIGN-T: セグメントベースの多重配列アラインメントのための改良アルゴリズム。BMC Bioinformatics 2005、6:66