Loading article…
バイオサイトマップは、生物医学研究機関や組織が、生物学的情報が情報技術システムやネットワーク全体にどのように分布しているかを示す方法です。この情報は、他の組織や研究者と共有できます。
バイオサイトマップにより、ウェブブラウザ、クローラー、ロボットは情報に簡単にアクセスして処理し、他のシステム、メディア、計算形式で使用できるようになります。バイオサイトマップのプロトコルは、バイオサイトマップのウェブハーベスターに手がかりを提供し、バイオサイトマップシステムの相互リンク全体にわたってリソースとコンテンツを見つけることができるようにします。つまり、人間または機械のユーザーは、バイオサイトマップシステム全体のすべての組織のあらゆるトピックに関する関連情報にアクセスし、それを独自のシステムに持ち込んで同化または分析することができます。
ファイルフレームワーク
情報は通常、biositemap.rdf または biositemap.xml ファイルに保存され、その組織が提供または保持するデータ、ソフトウェア、ツール、資料、サービスに関する情報のリストが含まれています。情報はメタフィールドで提示され、biositemaps オンライン エディターなどのサイトを通じてオンラインで作成できます。[1]
この情報は、サイトマップとRSS フィードを組み合わせたもので、情報モデル(IM) と生物医学リソースオントロジー(BRO)を使用して作成されています。IM はメタフィールドに保持されるデータの定義を担当し、BRO は resource_type フィールドに保持されるデータの用語を管理します。BRO は、他の組織とサード パーティの両方が検索を行い、それらの検索を絞り込むためのインタラクションを支援する上で非常に重要です。
データ形式
バイオサイトマッププロトコル[2]は、生物医学および情報科学データのモデリング、ソフトウェアツール開発、分析に携わる科学者、エンジニア、センター、機関が、最新の計算生物学リソース（データ、ソフトウェアツール、Webサービス）に関する情報を世界に放送および配布することを可能にします。バイオサイトマップのコンセプトは、効率的で自動化されたWebリソースの収集[3]と クローラーフレンドリーなWebサーバー[4]のアイデアに基づいており、サイトマップとRSSフィードの機能を分散メカニズムに統合し、計算生物学者とバイオインフォマティクス専門家が生物医学リソースに関するメタデータを公開して放送および取得できるようにします。
これらのサイト、機関、または研究者固有のバイオサイトマップの説明は、オンラインでRDF形式で公開され、Web 検索エンジン、バイオサイトマップとオントロジーに固有の Web アプリケーション、およびバイオインフォマティクスと生物医学研究調査用の更新されたリソースまたは新しいリソースの発見に関心のあるその他のアプリケーションによって検索、解析、監視、および解釈されます。バイオサイトマップのメカニズムは、生物医学リソースの提供者 (研究者または機関) とリソース コンテンツの消費者 (研究者、臨床医、ニュース メディア、資金提供機関、教育および研究イニシアチブ) を分離します。
バイオサイトマップは、特定の研究グループまたはコンソーシアムの生物医学およびバイオインフォマティクスのリソースをリストするRDFファイルです。これにより、生物医学リソースの開発者は、それぞれのソフトウェアツール、データベース、またはWebサービスの機能と使いやすさを説明できます。 [2] [5]
バイオサイトマップは、データ、ツール、およびサービスの配布のための既存のフレームワークを補完するものであり、置き換えるものではありません。バイオサイトマップを使用しても、リソースが検索インデックスに含まれることは保証されません。また、ツールのランク付け方法やコミュニティによる認識方法にも影響しません。バイオサイトマップ プロトコルは、さまざまなサイトにある生物医学リソースの存在と内容を示す手がかり、情報、および指示をすべてのバイオサイトマップ Web ハーベスターに提供します。
バイオサイトマップ情報モデル
バイオサイトマッププロトコルは、生物医学リソースを特徴付けるために一般的に使用され、必要な特定のプロパティ[6]を含む拡張可能な情報モデルに依存しています。
- 名前
- 説明
- メールアドレス
- 発達段階
- 組織
- リソースオントロジーラベル
- キーワード
- ライセンス
情報モデルに関する最新のドキュメントは、Biositemaps Web サイトで入手できます。
参照
参考文献
- ^ Biositemaps オンライン エディター 2010 年 7 月 30 日アーカイブ、Wayback Machineより
- ^ ab Dinov ID、Rubin D、Lorensen W、et al. (2008). 「iTools: 計算生物学リソースの分類、カテゴリ化、統合のためのフレームワーク」。PLOS ONE . 3 (5): e2265. Bibcode :2008PLoSO...3.2265D. doi : 10.1371 /journal.pone.0002265 . PMC 2386255. PMID 18509477.
- ^ ML Nelson、JA Smith、del Campo、H. Van de Sompel、X. Liu (2006)。「効率的で自動化された Web リソース収集」( PDF) 。WIDM'06。
- ^ Brandman O; Cho J; Garcia-Molina H ; Shivakumar N (2000). 「クローラーフレンドリーな Web サーバー」. ACM SIGMETRICS パフォーマンス評価レビュー. 28 (2): 9–14. CiteSeerX 10.1.1.34.7957 . doi :10.1145/362883.362894. S2CID 5732912.
- ^ Cannata N、 Merelli E、Altman RB (2005 年 12 月)。「バイオインフォマティクス リソースを整理する時期が来た」。PLOS Comput . Biol . 1 ( 7): e76。Bibcode : 2005PLSCB...1...76C。doi : 10.1371/ journal.pcbi.0010076。PMC 1323464。PMID 16738704。
- ^ Chen YB、Chattopadhyay A、Bergen P、Gadd C、Tannery N (2007 年 1 月)。「ピッツバーグ大学健康科学図書館システムのオンライン バイオインフォマティクス リソース コレクション - オンライン バイオインフォマティクス データベースとソフトウェア ツールへのワンストップ ゲートウェイ」。Nucleic Acids Res . 35 (データベース号): D780–5。doi :10.1093/ nar /gkl781。PMC 1669712。PMID 17108360。
外部リンク
- 公式サイト
- 生物医学リソースオントロジー
- バイオサイトマップオンラインエディター