バイオファブリック

BioFabricはグラフ描画用のオープンソースソフトウェアアプリケーションです。^{[1] [2] [3]}グラフをノードリンク図として表示しますが、個別のシンボルを使用してノードを表す他のグラフ描画ツールとは異なり、水平線を使用してノードを表します。^{[4] [5]}

ネットワークを視覚化する従来のノードリンク方式は、大規模なネットワークを扱う場合、エッジの交差が急増し、軽蔑的に「ヘアボール」と呼ばれるものが形成されるため、可読性が低下します。^{[6] [7]} BioFabric は、このスケーラビリティの問題に明示的に取り組むように設計されたいくつかの代替アプローチの 1 つであり、^[6]ノードを 1 行につき 1 本の線として水平軸上に描画し、エッジを 1 列につき 1 本の線として垂直軸上に描画し、エンドポイント ノードに関連付けられた 2 行で終了するという方法でこれを実行します。そのため、ノードとエッジにはそれぞれ独自の次元が与えられます (ノードが無次元のポイントであるエッジのみとは対照的です)。BioFabric は、このようにして生成された追加の自由度を利用して、インシデント エッジの端をグループに配置します。この配置は、潜在的に意味情報を伝えることができますが、ノードリンク グラフィックスでは、力指向グラフ描画中など、美観上の制約内で配置が任意に生成されることが多く、明らかに有益なアーティファクトになる可能性があります。

エッジは (垂直方向に) ノードよりも暗い色で描画され、視覚的な区別がつきます。エッジを追加すると、グラフの幅が広がります。

リンクの両端は正方形で表され、小さなスケールでも上記の効果を強調します。有向グラフには矢印も組み込まれています。^{[引用が必要]}

最初のバージョン1.0.0は2012年7月にリリースされました。BioFabricの開発作業は継続中です。オープンソースのR実装であるRBioFabricは2013年にリリースされ、^[8] igraphパッケージで使用するために^[9]、その後プロジェクトのウェブログで説明されました。^[10]

入力

• SIF ファイルを入力として使用してネットワークをインポートできます。

Blakleyら^{[11]は、BioFabricが使用する}地図表現と呼ばれる手法を使って、 ( A \ B )、( A∩B ) 、( B \ A )のエッジを並べることでネットワークAとネットワークBを比較する方法を説明しています。この手法はベン図を彷彿とさせます。RossiとMagnani ^{[12] [13]}はランク付けされたソシオグラムを開発しました。これは、ノードの順序がランキングメトリックに基づいているBioFabricのような表現です。このアプローチは、エッジラインの長さに意味論的な意味を付加し、ネットワークの アソート性またはディスソート性を視覚化するために使用できます。

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