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コンテンツ
説明	既知の三次元構造のドメインベースの相互作用の識別と分類。
接触
研究室	スペイン、バルセロナのバイオメディカル研究所。
著者	アメリー・スタイン
主な引用	スタインら（2011）
発売日	2010
アクセス
Webサイト	http://3did.irbbarcelona.org

3次元相互作用ドメインのデータベース（3did ）は、高解像度の3D構造が知られているタンパク質間相互作用のカタログを含む生物学的データベースです。 ^{[1] 3didは、}タンパク質データバンクにあるドメイン間相互作用のすべての構造モデルを収集して分類し、そのような相互作用の分子の詳細を提供します。3didは、タンパク質構造におけるタンパク質ドメインの位置を定義するためにPfamデータベースを使用します。3didは2005年に初めて公開されました。^[2]現在のバージョンには、新しいドメインモチーフ相互作用の発見と注釈付けのためのパイプラインも含まれています。すべての相互作用について、3didは類似のインターフェースを「相互作用トポロジ」にクラスタリングすることにより、さまざまな結合モードを識別してグループ化します。ドメインベースの構造相互作用テンプレートのコレクションを常に更新することにより、3didはタンパク質相互作用ネットワークの構造特性評価のための参照情報源となります。3didは6か月ごとに更新され、http://3did.irbbarcelona.orgで一括ダウンロードおよび閲覧できます。^[3]

参照

参考文献

^ ab Stein, Amelie; Céol Arnaud; Aloy Patrick (2011 年 1 月). 「3did: 既知の 3 次元構造のドメインベース相互作用の識別と分類」. Nucleic Acids Res . 39 (データベース号). イギリス: D718–23. doi :10.1093/nar/gkq962. PMC 3013799. PMID 20965963 .
^ Stein, A; Russell, RB; Aloy, P (2005). 「3did: 既知の3次元構造を持つ相互作用タンパク質ドメイン」. Nucleic Acids Research . 33 (データベース号): D413–7. doi :10.1093/nar/gki037. PMC 539991. PMID 15608228 .
^ Mosca, R; Céol, A; Stein, A; Olivella, R; Aloy, P (2014). 「3did: 既知の 3 次元構造のドメインベース相互作用のカタログ」. Nucleic Acids Research . 42 (データベース号): D374–9. doi :10.1093/nar/gkt887. PMC 3965002. PMID 24081580 .

外部リンク

http://3did.irbbarcelona.org

[Stein-1] Stein, Amelie; Céol Arnaud; Aloy Patrick (2011 年 1 月). 「3did: 既知の 3 次元構造のドメインベース相互作用の識別と分類」. Nucleic Acids Res . 39 (データベース号). イギリス: D718–23. doi :10.1093/nar/gkq962. PMC 3013799. PMID 20965963 .

[2] Stein, A; Russell, RB; Aloy, P (2005). 「3did: 既知の3次元構造を持つ相互作用タンパク質ドメイン」. Nucleic Acids Research . 33 (データベース号): D413–7. doi :10.1093/nar/gki037. PMC 539991. PMID 15608228 .

[3] Mosca, R; Céol, A; Stein, A; Olivella, R; Aloy, P (2014). 「3did: 既知の 3 次元構造のドメインベース相互作用のカタログ」. Nucleic Acids Research . 42 (データベース号): D374–9. doi :10.1093/nar/gkt887. PMC 3965002. PMID 24081580 .