2003年から2004年にかけてのインドネシア軍によるアチェ州での攻勢(統合作戦(インドネシア語:Operasi Terpadu)とも呼ばれる)は、自由アチェ運動(GAM)分離主義者に対するもので、2003年5月19日に開始され、ほぼ1年間続いた。これは、GAMに対しインドネシア統治下での特別自治権を受け入れるよう2週間の最後通牒を突きつけた後に行われた。この作戦は、1975年の東ティモール侵攻以来、インドネシア軍による最大規模の作戦の一つであった。この作戦は反乱軍を著しく弱体化させ、 2004年のインド洋地震と津波とともに、30年に及ぶアチェ紛争に終止符を打った。
2003年4月28日、インドネシア政府は、2週間以内に戦闘を終結させ、アチェの特別自治を受け入れるよう最後通牒を出した。スウェーデンに拠点を置く自由アチェ運動(GAM)の指導者らは最後通牒を拒否したが、米国、日本、欧州連合は双方に武力衝突を避け、東京で和平交渉を再開するよう促した。2003年5月16日、政府は自治の申し出がGAMに対する最終的な譲歩であり、最後通牒を拒否すれば運動に対する軍事作戦につながると表明した。GAMの指導者と交渉担当者らはこの要求に応え、アチェにいるGAMのメンバーが東京へ向かおうとして逮捕されたと述べた。[ 5 ]
2003年5月18日深夜過ぎ、メガワティ・スカルノプトリ大統領は、第12代インドネシア軍司令官エンドリアルトノ・スタルト将軍に分離主義者に対する軍事作戦の開始を許可した。スタルト将軍はまた、アチェ州に6ヶ月間の戒厳令を敷き、インドネシア政府はその後、1,500人の兵士と12,000人の警察官を同州に派遣した。これには、アチェ空港付近への458人の空挺部隊によるパラシュート降下も含まれていた。[ 6 ] [ 7 ]
2003年6月、政府はアチェの住民と反乱軍を区別するための新しい身分証明書を発行する意向を発表した。NGOや援助機関は活動を停止して地域から退去するよう命じられ、政府はすべての支援はジャカルタの中央政府とインドネシア赤十字社を通じて調整されなければならないと布告した。
2004年5月、アチェ州における戒厳令が解除され、紛争の状況は非常事態宣言へと格下げされた。インドネシアの暫定調整大臣ハリ・サバルノは、2004年5月13日の閣議後、この変更を発表した。政府は、作戦において大きな進展があり、数千人のGAMメンバーが殺害、捕獲、または投降したと発表した。
戒厳令は解除されたものの、軍による軍事作戦は継続された。戦闘中に推定2,000人が死亡した。インドネシア軍筋によると、犠牲者の大半は兵士だったが、国際人権団体や地元住民、政府の人権委員会などは、犠牲者のほとんどは民間人だったと主張している。軍は戦闘員と非戦闘員を区別しないことが多いという証拠もある。また、調査の結果、アチェで起きた残虐行為はGAMの責任であることが判明した。
マレーシアにいるアチェ難民は、軍事作戦中に監視員の立ち入りが禁止されていたアチェで、広範な人権侵害があったと報告している。インドネシア軍関係者の裁判は困難とされており、これまでに行われた裁判は下級兵士のみを対象としている。
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