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ソ連は1940年6月16日にエストニアに最後通牒を出し、同日深夜までに回答するよう要求した。その口実は、エストニアの政治活動がソ連・エストニア相互援助条約に違反しているというものだった。要求は、新政府を樹立し、ソ連軍をエストニアに受け入れることだった。[ 1 ]エストニア政府は長い審議の後、コンスタンティン・パッツ大統領に辞表を提出し、大統領はそれに署名し、辞表とソ連軍の進駐予定について放送された。ソ連軍は翌日、エストニアの占領を開始した。これはバルト三国に対するソ連の占領の一部だった。
ソ連によるバルト三国の占領は、ソ連とナチス・ドイツの勢力圏を分割したモロトフ＝リッベントロップ協定に追加された1939年の秘密議定書に基づいていた。 [ 2 ]
1939年、ソ連の圧力により、ソ連・ラトビア条約やソ連・リトアニア条約と同様のソ連・エストニア相互援助条約が締結された。この条約に基づき、ソ連の軍事基地がバルト三国すべてに設置されることになり、特に2万5千人のソ連兵がエストニアに派遣された。また、ソ連はエストニアの首都タリンへの海上アクセスを支配していたナイサール島を占領した。 [ 2 ]
最後通牒は1940年6月16日午後2時30分（モスクワ時間）に発せられ、同日深夜までに回答するよう要求された。口実は、エストニアの政治活動がソ連・エストニア相互援助条約に違反しているというものだった。要求事項は、新政府を樹立し、ソ連軍をエストニアに駐留させることだった。[ 1 ]
さらに、ヨハネス・クレメントは、モロトフが「指定された時間までに最後通牒の受諾を示す回答が得られなかった場合、エストニア共和国の国境に集結している赤軍部隊は国内に進軍し、あらゆる抵抗を武力で鎮圧するよう命じられるだろう」と宣言したと主張した。[ 3 ]
エストニア政府は、ケロッグ・ブリアン協定に従い、最後通牒に対して軍事的手段で応じないことを決定した。国境と国内の両方で圧倒的なソ連軍の存在を考慮し、流血と全面戦争を避けるために抵抗しないよう命令が出された。[ 4 ]政府はコンスタンティン・パッツ大統領に辞表を提出し、大統領はこれに署名した。辞表とソ連軍の進駐予定について放送された。
モロトフの違反の主張は、最後通牒においても、その後のいかなる時点においても、いかなる証拠によっても裏付けられていなかった。さらに、条約では意見の相違の解決はまず外交交渉による平和的な形で進められなければならないと規定されていたため、ソ連の立場には法的根拠がなかった。[ 5 ]
1940年6月16日から17日にかけて、赤軍はエストニアの軍事基地から出撃し、さらに9万人のソ連軍の支援を受けて同国を占領し、エストニア共和国の全領土を占領した。 [ 6 ] [ 7 ]最後通牒は単なる口実であったことは明らかで、集結したソ連軍はエストニアからの返答を受け取った直後に進軍した。[ 8 ]
エストニア国防軍とエストニア国防連盟の大部分は非抵抗命令に従って降伏し、赤軍によって武装解除された。 [ 9 ]タリンのラウア通りに駐屯していたエストニア独立通信大隊だけが武装抵抗を開始した。ソ連軍が6両の装甲戦闘車両に支援された増援部隊を投入したため、ラウア通りでの戦闘は日没まで数時間続いた。エストニア側では死者1名、負傷者数名、ソ連側では死者約10名、負傷者多数となった。最終的に軍事抵抗は交渉によって終結し、独立通信大隊は降伏して武装解除された。[ 10 ]
1940年6月18日までに、エストニア、ラトビア、リトアニアの占領のための大規模な軍事作戦が完了した。[ 11 ]