シークエスト

原作者	ジミー・エング、アシュリー・マコーマック、ジョン・イェーツ
オペレーティング·システム	Windows、Linux の場合
タイプ	タンパク質の同定
ライセンス	独自仕様（アルゴリズムは米国特許6,017,693および5,538,897、および欧州特許の対象）
Webサイト	サーモ、イェーツ研究室、UWPR

Sequest（SEQUESTと表記されることが多い）は、タンパク質同定に使用されるタンデム質量分析データ解析プログラムです。^{[1] Sequestは、}タンパク質配列のデータベースから生成されたペプチド配列に対するタンデム質量スペクトルのコレクションを識別します。

アルゴリズム

Sequest は各タンデム質量スペクトルを個別に識別します。ソフトウェアはデータベースからタンパク質配列を評価し、それぞれから生じる可能性のあるペプチドのリストを計算します。ペプチドの完全な質量は質量スペクトルからわかっており、Sequest はこの情報を使用して、観測されたペプチドイオンの質量に近いものだけを含めることで、スペクトルと有意に比較できる候補ペプチド配列のセットを決定します。候補ペプチドごとに、Sequest は理論的なタンデム質量スペクトルを投影し、Sequest は相互相関を使用してこれらの理論スペクトルを観測されたタンデム質量スペクトルと比較します。最も一致する理論的なタンデム質量スペクトルを持つ候補配列は、このスペクトルの最良の識別として報告されます。

参照

参考文献

^ Jimmy K. Eng、Ashley L. McCormack、John R. Yates、III (1994)。「タンパク質データベース内のアミノ酸配列とペプチドのタンデム質量スペクトルデータを相関させるアプローチ」。J Am Soc Mass Spectrom。5 ( 11 ) : 976–989。CiteSeerX 10.1.1.377.3188。doi : 10.1016 /1044-0305(94) 80016-2。PMID 24226387。 {{cite journal}}: CS1 maint: 複数の名前: 著者リスト (リンク)

外部リンク

https://proteomicsresource.washington.edu/protocols06/sequest.php

[1] ^ Jimmy K. Eng、Ashley L. McCormack、John R. Yates、III (1994)。「タンパク質データベース内のアミノ酸配列とペプチドのタンデム質量スペクトルデータを相関させるアプローチ」。J Am Soc Mass Spectrom。5 ( 11 ) : 976–989。CiteSeerX 10.1.1.377.3188。doi : 10.1016 /1044-0305(94) 80016-2。PMID 24226387。 {{cite journal}}: CS1 maint: 複数の名前: 著者リスト (リンク)