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オーバーミュンスター、またはオーバーミュンスター修道院（レーゲンスブルク）は、バイエルン州レーゲンスブルクにあった女子修道会（フラウエンシュティフト）の修道院で、富と権力においてニーダーミュンスターに次ぐ規模を誇っていた。
聖母被昇天に捧げられたオーバーミュンスター（「高位修道院」、より古いニーダーミュンスター、つまり「低位修道院」との関連で名付けられた）は、9世紀初頭にカロリング朝の支配者一族によって、隣接する聖エメラム修道院を補完するベネディクト会女子修道院として設立された。ほぼすぐにレーゲンスブルク司教の所有となり、当時聖エメラム修道院の修道院長も務めていたが、833年にルートヴィヒ2世（ドイツ王）がモントゼー修道院と交換して取り戻した。彼の未亡人ヘンマはオーバーミュンスターの修道院長となったが、彼女は聖エメラム修道院に埋葬された。10世紀初頭には、バイエルン公爵家の私設修道院であった。修道院とその教会は1002年に火災で焼失したが、伝統的に創設者とされている皇帝ハインリヒ2世によって再建・活性化され、帝国修道院となった。これにより修道院は司法的に独立したが、この場合は領土主権は持たなかった。
1219年に教皇の保護下に置かれ、1315年にはバイエルン皇帝ルートヴィヒ2世が修道院長たちを帝国侯爵領（ Reichsfürstentum）に昇格させたため、彼女たちは「侯爵夫人修道院長」（Fürstäbtissinnen）として知られるようになった。
生活規則を改革し、修道院を本来のベネディクト会の慣習に戻そうとする度重なる試みは失敗に終わり、1484年にオーバーミュンスターは正式に貴族女性のための修道院（adlige Frauenstift）となった。実際、オーバーミュンスターは長年にわたり、まさにそのような形態をとっていたのである。
17世紀から18世紀にかけて、建物と教会はバロック様式に改修された。
1810年、バイエルンの世俗化に伴い、修道院は解散した。最後の修道女たちは1822年までそこで隠居生活を送り、その後、そこは神学校となった。1862年には、司教直轄の男子神学校もそこに設立された。
1944年、爆撃により教会と修道院の一部が破壊された。戦後、残った建物には中央司教文書館、図書館、教区博物館の一部、その他の教区関連施設が収容された。