メルク分子力場

メルク分子力場（MMFF）は、メルク研究所が開発した化学力場のファミリーです。MM3力場に基づいています。MMFFは、タンパク質や小分子のシミュレーションなど、1つの用途に最適化されているのではなく、幅広い有機化学計算で優れたパフォーマンスを発揮します。力場のパラメータは、幅広い化学クラスにわたる約2800の構造からなる計算データから導出されています。^[1]

このファミリーで最初に公開された力場はMMFF94です。^[1]分子構造のセットとHalgrenのMMFF94実装の対応する出力は、他のMMFF実装を検証するために計算化学リストで提供されています。^[2]

MMFF94の1つの変種はMMFF94sであり、これはアニリンなどの非局在化した三方窒素原子を平面化するために、異なる面外曲げおよび二面角ねじれパラメータを持っています。^[3] MMFF94sの「s」は「静的」を意味し、MMFF94sはMMFF94よりも時間平均形状をよりよく反映します。

参照

力場実装の比較

参考文献

^ ab Merck 分子力場。I. MMFF94 の基礎、形式、範囲、パラメータ化、およびパフォーマンス、Thomas A. Halgren、J. Comput. Chem .; 1996 ; 490-519、doi :10.1002/(SICI)1096-987X(199604)17:5/6<490::AID-JCC1>3.0.CO;2-P
^ Kearsley, Simon (1999 年 6 月). 「MMFF94 検証スイート」. CCL.net . Computational Chemistry List, Ltd . 2016 年9 月 17 日閲覧。
^ MMFF VI. エネルギー最小化研究のための MMFF94s オプション、Thomas A. Halgren、J. Comput. Chem.; 1999 ; 720-729、doi :10.1002/(SICI)1096-987X(199905)20:7<720::AID-JCC7>3.0.CO;2-X

[MMFFI-1] Merck 分子力場。I. MMFF94 の基礎、形式、範囲、パラメータ化、およびパフォーマンス、Thomas A. Halgren、J. Comput. Chem .; 1996 ; 490-519、doi :10.1002/(SICI)1096-987X(199604)17:5/6<490::AID-JCC1>3.0.CO;2-P

[2] Kearsley, Simon (1999 年 6 月). 「MMFF94 検証スイート」. CCL.net . Computational Chemistry List, Ltd . 2016 年9 月 17 日閲覧。

[3] MMFF VI. エネルギー最小化研究のための MMFF94s オプション、Thomas A. Halgren、J. Comput. Chem.; 1999 ; 720-729、doi :10.1002/(SICI)1096-987X(199905)20:7<720::AID-JCC7>3.0.CO;2-X