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2008-09 FIBAユーロチャレンジは、ヨーロッパにおける男子プロクラブバスケットボールの第3部リーグにあたる国際大会、 FIBAユーロチャレンジトーナメントの第6回大会であり、 FIBAヨーロッパが主催するFIBAユーロチャレンジという名称での最初の大会でもありました。また、2000年のULEBとFIBAの対立後、ULEBカップから敗退したチームがFIBAの大会に出場するようになった最初のシーズンでもありました。さらに、以前はULEBカップとして知られていた大会は、2008年以降ユーロカップに名称変更されました。
レギュラーシーズンには合計32チームが参加し、予選ラウンドを含めると合計40チームが競い合った。ボローニャで開催されたファイナルフォーの決勝でショレを破ったヴィルトゥス・ボローニャが、初のユーロチャレンジタイトルを獲得した。
合計21カ国から40チームが参加し、さらに2008-09年ユーロカップ・バスケットボールの予選1回戦と2回戦から16チームが加わる。この大会はFIBAヨーロッパが共同運営している。
括弧内のラベルは、各チームがどのようにして予選ラウンドの出場権を獲得したかを示しています（TH：タイトル保持者；）：
QR：予選ラウンド敗退者
第1ラウンドには32チーム、第2ラウンドには16チームが参加する。
*Due to the war situation in Gaza Strip, Olympia refused to travel to Israel and Hapoel Jerusalim were declared winners by forfeit (20-0)
The Final Four will be the last stage of EuroChallenge 2008–09. The event will take place at the Futurshow Station, in Bologna.