インドマップ

インドマップ
開発者	アリエル・シュワルツ (カリフォルニア大学バークレー校)、リオル・パクター(カリフォルニア大学バークレー校)
安定版リリース	2.0
オペレーティング·システム	参考:
タイプ	バイオインフォマティクスツール
ライセンス	オープンソース
Webサイト	AMAPダウンロード

AMAPは、配列アニーリングに基づく多重配列アライメントプログラムです。 ^[1]このアプローチは、一度に1つの一致ごとに多重アライメントを構築することで、プログレッシブアライメントの問題の多くを回避します。AMAPパラメータを使用して、感度と特異性のトレードオフを調整できます。

このプログラムは、AMAP Web サーバー経由で使用することも、ソースコードとともにインストールできるスタンドアロンプログラムとして使用することもできます。

入力/出力

このプログラムはFASTA 形式の配列を受け入れます。

出力形式には、FASTA 形式、Clustalが含まれます。

^ S. Schwartz, A.; Pachter, L. (2007年1月19日). 「配列アニーリングによる多重アラインメント」.バイオインフォマティクス. 23 (2): e24–e29. doi :10.1093/bioinformatics/btl311.