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2006年のNCAAディビジョンI野球トーナメントは、2006年6月2日から6月26日まで開催されました。NCAAディビジョンIに所属する64の大学野球チームが、レギュラーシーズン、そして一部のチームはカンファレンストーナメントを勝ち抜いて、NCAAトーナメントに出場しました。トーナメントの最後には、ネブラスカ州オマハにある歴史的なローゼンブラット・スタジアムで、8チームがカレッジ・ワールドシリーズに出場しました。
2006年NCAAディビジョンI野球トーナメントの地域予選とスーパー地域予選を勝ち抜いた8チームがオマハに進出した。クレムソン、ジョージア工科大学、ノースカロライナ、カリフォルニア州立大学フラートン校、オレゴン州立大学、ライス、ジョージア、マイアミ（フロリダ州）はスーパー地域予選を勝ち抜き、2006年カレッジワールドシリーズへの出場権を獲得した。全国シードの5チームがオマハに進出した。クレムソン（1）、ライス（2）、カリフォルニア州立大学フラートン校（5）、ジョージア（7）、ジョージア工科大学（8）。第3シードのテキサスと第6シードのネブラスカはともに地域予選で敗退し、第4シードのアラバマはスーパー地域予選で敗退した。
2006年カレッジ・ワールドシリーズ（CWS）の開幕戦は、6月16日（金）午後1時（中部夏時間、UTC午後6時）に行われた。2006年の大会は、CWS史上2度目となる16試合制の大会だった（もう1回は2003年のカレッジ・ワールドシリーズ）。
トーナメント初戦でマイアミ大学（フロリダ州）に敗れたオレゴン州立大学ビーバーズは、その後4連勝で敗退を免れ、勝ち上がって決勝シリーズに進出した。シーズンを通して3連戦で負けたことのなかったライス大学オウルズは、ビーバーズに2試合連続で完封負けを喫し、カレッジ・ワールドシリーズ記録となる23イニングを無得点で終えた。オレゴン州立大学は決勝でノースカロライナ大学と対戦する。
3戦2勝制の決勝シリーズは、オレゴン州立大学とノースカロライナ大学の間で行われた。オレゴン州立大学は最終戦を3対2で制し、野球で初の全米タイトル、そしてNCAA全体では2度目の優勝を果たした。全試合はESPNとESPN2でテレビ中継された。
オレゴン州立大学は、カレッジ・ワールドシリーズで6勝（トーナメント戦4勝、決勝シリーズ2勝）を挙げ、大会記録を樹立した。また、オマハで2敗しながらも優勝を果たした史上初のチームとなった。オレゴン州立大学は、1952年のホーリークロス大学以来、カレッジ・ワールドシリーズで6勝を挙げた唯一のチームである。オレゴン州立大学は、大会の全16試合のうち8試合に出場した。
オハイオ州立大学の投手、ジョナ・ニッカーソンが大会の最優秀選手に選ばれた。
全米選手権で5回優勝したLSUは、64チーム中、出場権を逃した。タイガースが地域予選に出場できなかったのは1988年以来初めてのことだった。LSUの通算成績は35勝24敗で、全米選手権出場資格を得るに値するものだったが、サウスイースタン・カンファレンスでの不振により、12チーム中8位の13勝17敗（SECトーナメントでは1勝2敗）に終わった。LSUは、当時同校の運動部長を務めていた殿堂入りコーチ、スキップ・バートマンの下で、1991年、93年、96年、97年、2000年に全米選手権で優勝した。LSUのシーズン終了から10日後、バートマンは後任のスモーク・ラバルを解任し、ノートルダム大学のコーチ、ポール・マイニエリを雇った。今シーズン以前は、LSUは1990年以来毎年地域予選を主催していた。
ディビジョンIの30のカンファレンスの優勝校は、自動的に地区大会への出場権を獲得した。残りの34枠は、招待校として各校に与えられた。
太字はCWS参加者を示す。
太字は勝者を示す。
注：6回表に77分間の雨天中断
以下の選手はオールトーナメントチームのメンバーでした。