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2001年のサウスイースタン・カンファレンス野球トーナメントは、 5月16日から20日までアラバマ州フーバーのフーバー・メトロポリタン・スタジアムで開催された。ミシシッピ州立大学は決勝戦でルイジアナ州立大学を破り、サウスイースタン・カンファレンスの2001年NCAAディビジョンI野球トーナメントへの自動出場権を獲得した。
東部地区と西部地区のそれぞれ上位2チーム（カンファレンス成績に基づく）がトーナメントへの出場権を自動的に獲得した。地区に関係なく、カンファレンス勝率が最も高い次の4チームが、トーナメントへの出場権を獲得した。
最優秀選手：クリス・ヤング（ミシシッピ州立大学）